UPDATE  
zie <--  klik   Denisova :  ZUID SIBERIË
       
Neanderthaler had oostelijke verwanten

De Neanderthaler had voorheen onbekende verwanten in Azië.
De zogeheten Denisova-mens  leefde er zo'n 30.000 tot 50.000 jaar geleden en mengden zich met de  toenmalige homo sap bewoners van Zuid oost azie  en  nieuw guinea  ?    

-Een van de  NU   meest aangehangen  hypothesen  stelt dat   Denisova en Neanderthaler  dichter bij elkaar  staan  dan   dichter aanleunen  bij homo sap
Denisova heeft  echter  herkenbare gedeeltes van zijn genetisch materiaal achtergelaten bij  homo sapiens  groepen waaruit de  "Melanesiers " ( en  ook bevolkingsgroepen  uit   Nieuw guinea ) zijn voort gekomen 

Amerikaanse en Duitse wetenschappers hebben  de  "genetische gegevens  "( het  eerste "komplete (kern) genoom" -kladje )  van deze denisova mens  afgeleid uit een vingerbotje ;  Een grote verstandskies is later   in 2008 ook is  gevonden in de Denisovagrot De tand  , brengt mogelijk  nog   verrassingen  .. maar tot nu toe  is daar  is nog   geen  "nucleair   genoom" kladje uit afgezonderd   ...


Deze  siberische Denisova fossielen zijn trouwens de enige  fossiele restanten van de soort  ( ook geografisch ) die  tot nu toe zijn gevonden 

''Het beeld dat opduikt ( vanuit de   "genetische  gegevens  van Denisova" en hun vergelijking met het  "neanderthaler genoom "  /  en   huidige bevolkingsgroepen  van de  moderne mens     ) is dat de Denisovanen een zustergroep van de Neanderthalers vormden'', stelden de wetenschappers in het tijdschrift Nature Co-auteur Richard Green van de universiteit uit het Californische Santa Cruz meent dat de geschiedenis van  homo sap  nu wat complexer is geworden.
''In plaats van het eenvoudige verhaal dat de moderne mens uit Afrika kwam en de Neanderthaler verving, zien we nu dat meer groepen met elkaar verweven zijn dan we dachten.''

© ANP zie ook Nieuwe mens? (Tsjok4)

http://blogs.discovermagazine.com/loom/2010/12/22/meet-the-denisovans-the-newest-members-of-the-human-tree-of-life/

http://blogs.discovermagazine.com/loom/2010/12/23/denisovans-ordinary-humans-with-extraordinary-genes/
zie ook
http://johnhawks.net/weblog/reviews/neandertals/neandertal_dna/denisova-nuclear-genome-reich-2010.html

<-- nature(news & views ) 
http://www.nature.com/news/2010/101222/full/4681012a.html

 Denisova  grot en  tand 




http://www.smh.com.au/technology/sci-tech/giving-accepted-prehistoric-history-the-finger--dna-tests-reveal-new-group-of-ancestors-20101223-195t1.html

Een  tand  van een  recent ontdekte (dichte )  verwant van homo sap . ; De Denisova-mens 
Deze  kies  (molair)  zou erg primitieve  kenmerken vertonen en  groot zijn
 
Naast Neanderthaler en  Hobbit   is dit de derde ontdekte  groep die duidelijk verschilt van homo sap  maar  er toch ook mee is verwant
( en waarbij  Floresiensis wordt geacht verder af te staan  van alle drie de anderen ) en terzelfdertijd  met   homo sapiens leefde in diens beginperiode
  
Het standaard  homo sap genoom   het Neanderthal  kladje   en  de  Denisova - kladjes  verschillen allen onderling 
(= zeker wanneer men ze ook nog eens  gaat  vergelijken  met  genetische hiaten  tussen  homo sap en  chimp die bij  beide mensachtigen  toch een beetje  anders  liggen dan  die  bij de homo sap alleen  )   

Van Neanderthaler  en  Denisova staat nu vast dat ze  genetisch  hebben bijgedragen  aan de genetische  opmaak van populaties van huidige "homo sap " mensen  buiten de in afrika  gebleven  en daar ontwikkelde    afrikaanse archaische  mensenrassen   



The results showed that the Denisova individual was more closely related to Neanderthals than to modern humans. However, the Denisovan does not fall within the range of Neanderthal variation. There are a few lines of evidence suggesting that the Denisovan and Neanderthal lineages had separate histories once they diverged and did not form a single population. The Neanderthal genomes sequenced so far have low genetic diversity, indicating that Neanderthals passed through a genetic bottleneck after splitting from the Denisovans. With only one Denisovan genome available as yet, we don’t know how diverse they were.

http://pandasthumb.org/archives/2010/12/denisova-genome.html


Ook  zijn dergelijke  hybridisaties ( tussen   erg ( geologisch) vroege speciaties ( ook als het verschillende "soorten"betreft )   uit   stamlijnen die dicht bij de gemeenschappelijke voorouder staan  )  zijn niets opzienbarends 

- Ook  verschillende  vroege vertegenwoordigers ( bijna soorten )   uit  verschillende  stamlijnen  vanuit de  gemeenschappelijke  voorouders-groep  van mens en chimp worden  volgens sommigen  geacht regelmatig  met elkaar te hebben gekruist  ....en deden dat  steeds opnieuw  mert als gevolg  mogelijk   extreme  erg variante   "vuilbakrassen" gedurende een paar miljoen jaren en waaruit opnieuw kon worden vertrokken op zoek naar  nieuwe  niches  ..."Terug naar af " dus 
De definitieve split  vond dus veel later plaats dan algemeen tot dan toe (2006)  aangenomen ... Er schijnen daar genetische  aanwijzingen voor te zijn gevonden .... 

Die "definitieve split "  is het onstane verschil tussen de  chromosom aantallen  tussen beiden speciatie-lijnen   ( bijvoorbeeld  door fusie van  "aap" chromosomen )  ?  Maar zelfs dan konden  vrouwtjes nog steeds  een X chromosoom lenen bij een  verwant die al wat was afgesplitst  ? 

          http://www.msnbc.msn.com/id/12836649/ns/technology_and_science-science/

Een innig afscheid
 http://www.kennislink.nl/publicaties/een-innig-afscheid
De voorlopers van mens en chimpansee kruisten gedurende miljoenen jaren met elkaar.

De evolutionaire scheiding tussen de voorlopers van mens en chimpansee is niet in één keer tot stand gekomen. Uit een vergelijking van twintig miljoen basenparen tussen mens en chimpansee concluderen Amerikaanse genetici van Harvard en MIT dat gedurende wel vier miljoen jaar genetische uitwisseling heeft plaatsgevonden tussen beide soorten ( Nature online, 17 mei 2006). Na de eerste splitsing circa tien miljoen jaar geleden, zijn de soorten pas tussen de 6,3 en 5,4 miljoen jaar geleden definitief uit elkaar gegaan.Dat de menselijke soortvorming enige miljoenen jaren duurde, is niet iets om van op te kijken, vindt prof. dr. Leo Beukeboom, hoogleraar Evolutionaire genetica aan de Rijksuniversiteit Groningen. Soortvorming gebeurt lang niet altijd plotseling, dus het hoeft geen verrassing te zijn dat mens en chimpansee een langdurige scheiding kenden.

Het opvallendst aan de resultaten vindt Beukeboom dat de X-chromosomen van mens en chimpansee veel meer overeenkomen dan de rest van het genoom. Omgerekend in tijd, is het X-chromsoom 1,2 miljoen jaar jonger. Kennelijk heeft tussen beide voorloper-populaties genetische menging plaatsgevonden waarbij vooral het X-chromosoom gedeeld is.

Vruchtbaar

Dit is te begrijpen met ’Haldane’s rule’.
Deze regel stelt dat bij het kruisen van twee soorten hybride mannen vaak onvruchtbaar zullen zijn, in tegenstelling tot hybride vrouwen. De verklaring hiervoor schuilt in het X-chromosoom, waarvan mannen één en vrouwen twee hebben. Van de onderliggende genetica is nog niet alles bekend, maar waarschijnlijk liggen op het X-chromosoom genen die een wisselwerking aan gaan met een autosomaal gen om een vruchtbare man te pro- duceren. Bij een hybride man kan het X-chromosoom die wisselwerking niet aangaan, omdat het autosomale gen van een andere soort is. Bij vrouwen treedt dit probleem niet op, omdat ze altijd ook nog een X-chromosoom van hun moeder (van dezelfde soort) krijgen. Voor succesvolle hybridisatie is het dus nodig dat het X-chromosoom onveranderd doorgegeven blijft worden, anders kunnen geen vruchtbare mannelijke nakomelingen ontstaan.

De grote mate van overeenkomst tussen de X-chromosomen van mens en chimpansee laat zich dus goed verklaren met Haldane’s regel. Bovendien zou je na een evolutionaire splitsing verwachten dat de X-chromosomen van beide soorten meer dan gemiddeld van elkaar verschillen. Het X-chromosoom evolueert namelijk sneller dan de rest van het genoom omdat het in mannen geen ‘reserve’-homoloog heeft. ‘De regel van Haldane is al voor zo’n veertig soorten beschreven’, zegt Beukeboom. ‘Maar ik vind het intrigerend dat het nu ook blijkt op te gaan voor mens en chimpansee.’

Rinze Benedictus         zondag, 12 augustus 2007

Kernwoorden   afstamming biologie evolutie mens chimpanzees haldane's rule
 

Opmerking :  of bovenstaande  hypothese  nog steeds  wordt aangehouden(= nog niet definitief is gefalsifeerd )   ; moet ik nog opzoeken 




- Hybridisaties tussen gewervelde  soorten komen   meer  voor  dan vroeger werd gedacht ( zeker wanneer ze eenzelfde aantal chromosomen bezitten , of minstens X chromosomen delen  in de vrouwelijke  afstammelingen )   
Net  zoals  de  ijsbeer  nu ook  schijnt  te zullen opgaan  in   " genetische erfenis " of  bijdrage van die soort   aan  een  mengpopulatie met de grizzly ( bruine beer-ras/populaties    ) ,  die een verdwijnende biotoop(= het poolijs)kan overleven  )  
http://en.wikipedia.org/wiki/Grizzly%E2%80%93polar_bear_hybrid 

“ De "Species categorie" definitie  echter  ,   is alleen maar een artificieele( handige )   en grove benadering van de werkelijkheid  ...In werkelijkheid zijn er  overal graduele  overgangen tussen  "echte " soorten  en komplete  panmictische  populaties  ....Dat is het gevolg van het  ware feit van de plaatsvindende   evolutieprocessen   en  de  graduele veranderingen in haar produkten    ....Stop het gezeur  .”

"Soorten" veranderen voortdurend in al hun populaties  en van generatie op generatie  :   er is niets " essentieels " aan ( buiten de "definities" in de leerboeken  van systematici  en de naamgevers  )

Nauw verwante  soorten  blijken bovendien ook gemakkelijker dan vroeger gedacht   vruchtbare  bastaarden te kunnen  leveren  en zijn misschien (ook bij  "hogere"  dieren  ) een belangrijk  mechanisme  in de  "oorsprong " van nieuwe soorten  ....   


Zie ook de begrippen  ;  

Allopatrie

http://en.wikipedia.org/wiki/Sympatric_speciation
http://en.wikipedia.org/wiki/Ring_species
http://en.wikipedia.org/wiki/Hybrid_speciation

23-12-2010 om 00:00 geschreven door Tsjok45  

Het "wetenschappelijke" nieuws  aan het   begin van deze  week  staat nog steeds  in het teken  van de  
de  Arseen -metaboliserende  Halomonadaceae, GFAJ-1

http://www.volkskrant.nl/vk/nl/2672/Wetenschap-Gezondheid/article/detail/1069471/2010/12/07/
Ontdekkers-arseenbacterie-gaan-niet-in-op-kritiek.
dhtml
Govert Schilling − 07/12/10, 

Felisa Wolfe-Simon © afp

Met veel tam-tam kondigden ze vorige week de ontdekking aan van wat inmiddels de beroemdste bacterie ter wereld is. Maar nu er van alle kanten kritiek op hun Science-publicatie komt, geven geomicrobioloog Felisa Wolfe-Simon en haar collega's niet thuis.

'Ik ga me niet via de media mengen in een publieke discussie over een wetenschappelijke kwestie,' mailt co-auteur van het sciencve artikel  Ronald Oremland.

In Nederland waren het vooral de Amsterdamse microbiologen Jef Huisman en Hans Matthijs die, onder andere in NRC Handelsblad, de vloer aanveegden met het artikel  van  Wolfe 


Laag arsenicumgehalte
Het belangrijkste bewijs van onderzoekster Felisa Wolfe-Simon en haar collega’s dat het DNA van de bacterie arsenicum bevatte, bestond uit een analyse met een techniek genaamd massaspectrometrie. Hiermee kun je, simpel gezegd, meten welke atomen er in een bepaald monster zitten en in welke verhouding. In het hoofdartikel in Science worden de precieze uitkomsten van deze meting niet gegeven; daar staat alleen dat het DNA van de bacteriën die op arsenicum leefden significant meer arsenicum bevatten dan het DNA van bacteriën die fosfor kregen.

Wel blijken die gemeten hoeveelheden arsenicum en fosfor in een losse bijlage bij het artikel te staan, die inmiddels door Science openlijk beschikbaar is gesteld. Het gaat hierbij om de tabel genaamd S2. De Nederlandse wetenschappers Jeff Huisman en Hans Matthijs merkten in NRC Handelsblad van zaterdag op dat er volgens deze getallen weliswaar arsenicum in het DNA van de arseenbacteriën zat, maar dat het wel heel erg weinig was.

Dit wordt ook door buitenlandse wetenschappers genoemd als belangrijk kritiekpunt. De claim uit het Science-persbericht dat de bacteriën het fosfor ‘compleet vervangen hadden’ door arsenicum, is dus in ieder geval duidelijk niet juist.

Opmerkelijke verhoudingen
Er is meer vreemds te zien aan de genoemde getallen.
Fosfor, in de vorm van fosfaatgroepen, vormt als het ware de ruggengraat van DNA. Zonder deze ruggengraat zou een DNA-streng geen streng zijn, maar een verzameling losse moleculen. Het is vrij precies bekend hoeveel van zulke ruggengraatmoleculen een DNA-streng van een bepaalde lengte heeft.
Maar de getallen die genoemd worden voor het aantal deeltjes fosfor en arsenicum in het DNA van de arsenicumbacteriën en hun op fosfor levende soortgenoten, tellen totaal anders op. Wat zou betekenen dat het DNA van de arsenicumbacteriën, als je naar DNA-strengen van gelijke lengte kijkt, veel minder ruggengraatdeeltjes bevat. En dat kan eigenlijk helemaal niet.

‘Tabel S2 is duidelijk het zwakke punt van dit onderzoek’, beaamt ook Gijs Kuenen, hoogleraar microbiologie aan de TU Delft. ‘Zowel de relatieve als de absolute getallen die in deze tabel staan kunnen niet kloppen.’
Als extra voorbeeld noemt hij de verhouding van de gevonden aantallen fosfor- en koolstofdeeltjes. Normaal gesproken bevat DNA altijd ongeveer 1 deeltje fosfor per 10 deeltjes koolstof.
Maar het gevonden fosforgehalte uit het onderzoek van Wolfe-Simon is, zelfs bij de bacteriën die wel gewoon op fosfor leefden, grofweg honderd keer zo laag; dus 1 deeltje fosfor per 1000 deeltjes koolstof. Wat ook weer niet te rijmen valt met dat vaste aantal ruggengraatdeeltjes per bepaalde lengte van een DNA-streng.

 'Dit had nooit zo in Science gemogen,' zegt Huisman. 'Ik weet niet wat daar fout is gegaan.'
Matthijs suggereerde dat
het Amerikaanse tijdschrift bij auteurs van eigen bodem misschien niet altijd even kritisch is als het gaat om spraakmakende resultaten.

•  Jef Huisman, hoogleraar microbiologie aan de Universiteit van Amsterdam, in dagblad de Stentor.
  
  "1.- Ik geloof niet dat zij een bacterie gevonden hebben die fosfaat verruild heeft voor arseen voor het opbouwen van zijn DNA.
   2.- De NASA heeft het opgeklopt.”
  
  De onderzoekers kunnen het verhaal niet waarmaken,
   
  Huisman vermoedt dat het kweekje in het laboratorium vervuild is geraakt .
  “Er zaten veel te veel resten ( van  fosfoor  bij het begin van de kweek en afkomstig van het   gesampelde  organisme  uit het meer zelf ;  bovendien is  elders ( en vroeger )  er al  op gewezen dat ook hier te weinig voorzorgen zijn genomen  ; zo zou het " oogstens " van die  stamouders  helemaal niet  " aanvaardbaar "  steriel zijn  gebeurt    )   arseen  in het  uiteindelijke  meet-  resultaat (= gedaan   door massaspectrometrie- analyse  aan  het  "gezuiverde "residu ( uiteindelijk bevatte dit  het   DNA skelet ) die dat zogezegd  aantoonde  )  ; dat is  afkomstig van het   arseen waarin ze de bacterie gekweekt hebben.
   
  Er zit niets anders voor ze op dan terug te gaan naar het lab en de proef te herhalen in een schonere omgeving( en met  eenduidiger beginmateriaal ? )  .”( en met rigoureusere  maatregelen om vervuilingen te voorkomen  )
  
  De Amsterdamse hoogleraar aquatische microbiologie heeft het artikel in Science grondig geanalyseerd. Hij twijfelt aan het gebruik van 40.000 micromolair arseen kweekvloeistof.
  
  "De wetenschappers hebben de bacterie uit een meer met veel arseen gehaald en in het lab opgekweekt”, “In de kweekvloeistof gebruikten ze 40.000 micromolair arseen, om te zien hoe de bacterie daar op reageert.
  Maar mét dat arseen blijkt  ook  drie micromolair fosfaat te zijn meegekomen ..."
  
  Nu weet ik uit eigen lab-ervaring dat een bacterie al genoeg heeft aan 0,03 micromolair fosfaat om zich te vermenigvuldigen. ."De bacterie hoeft dus helemaal geen arseen te gebruiken. Er zat in de kweekvloeistof honderd keer meer fosfaatverontreiniging dan voor de bacterie nodig is om te overleven.
  Dat is geen grensgeval meer, maar een testfout”.
  (..) Dit experiment heeft een serieus probleem.”
  
  Meetfout?
  Daarnaast troffen de wetenschappers één arseenatoom op elke 100.000 koolstofatomen in het DNA aan (oftewel )  Dat één op de tienduizend fosfaatatomen vervangen zou zijn door arseen. ?  “Dat is zo weinig, dat het ook een meetfout door ruis in de data kan zijn.”
  

    Volgens Huisman zijn de resultaten van het experiment  door dat  alles  onbetrouwbaar.
  

• 
  
  Dr. Wolfe-Simon zei al ( in de persconferentie  zelf en/ of  , weliswaar   niet expliciet, in haar  artikel zelf )  al   dat er ook fosfor in het medium zat.( en uiteindelijk ook in het beginorganisme zelf   )
  Maar : Je kunt   berekenen hoeveel groei mogelijk is op een bepaalde hoeveelheid fosfor, welke cel dichtheid de stationaire fase halen kan. Als deze hoger is dan wat je verwacht op basis van de aanwezige fosfor dan heeft dit een reden. Die reden kan arsenicum zijn maar dat weten we nog niet precies.
  
  Ze refereerde ook al naar een vervolg artikel maar wou daar niet te veel over kwijt,
  maar  overeind blijft  wél  de waarheid dat het  niet exact is dat arsenicum 1op1 als vervanger van fosfor op kan treden.
  
  Dat staat  allemaal  gewoon te  lezen in het artikel van dr. Wolfe Smitth zelf  
  De onderzoekers geven zelf al aan dat er 3.1 +/- 0.3 micromolair fosfaat al vooraf in (de uitgangsbacterie of in) het groei- medium(=voedingsbodem / substraat )   ) zat  .
  
  Wel laten ze zien dat het beestje niet kan groeien als ze geen fosfaat óf arsenaat bij dit fosfaatarme medium gooien.(toevoegen )  
  Het argument dat 3 micromolair genoeg zou moeten zijn voor de tijdens de geconstateerde   groei momenten  onder veranderde  fosfoor en  arseengehaltes in het substraat  ,  gaat dus niet op  voor dit beestje, ongeacht of andere  bacteriën in de  ervaringen  van de heer Huisman dat wel doen.
  
  http://www.nu.nl/wetenschap/2396117/vondst-arseenbacterie-in-twijfel-getrokken.html
  http://www.nujij.nl/vondst-arseenbacterie-in-twijfel-getrokken.10604879.lynkx

               " De bacterie hoeft dus helemaal geen arseen te gebruiken"
sterker nog  :
De bacterie is dus beslist niet arseen afhankelijk , maar  dat stond al ( zij het niet expliciet ) in de studie zelf  ...
Hoezo testfout ? 
en dan  ook nog  als je al zelf  dat gegeven   hebt  aangegeven en meegenomen  ?
Tsja  ....slordig  en onaf onderzoek  ?
Slechte en foute analyses  ?
Slechte peer review in het magazine  ? 
Allemaal mogelijk

Er zijn alleszins  controleproeven en herhalingen  van de  beschreven   experimenten nodig door  wetenschappers uit de  respektievelijke  relevante vakgebieden  die ( het liefst ) niet betrokken waren  bij het onderzoek  
(uiteraard  kunnen zij die er wel bij betrokken waren dat ook doen , en kunnen ze dus de eventuele  kritieken  controleren of  nopen tot zorgvuldiger  formuleringen en de ontdekking van nieuwe gegevens   ) 

Dit is een voorbeeld  van hoe de  empirische  methodisch  naturalistische  wetenschap  echt  beoogt  te werken       

Andere wetenschappers, zowel in de Benelux als in de Verenigde Staten, snappen niet wat er zo bijzonder is aan de vondst van de nieuwe bacterie en zijn zeer skeptisch. 

“De bacteriën groeien alleen maar slechter als ze geen fosfor meer krijgen”, Huub Schellekens, medisch microbioloog en hoogleraar farmaceutische biotechnologie aan de Universiteit Utrecht, tegen Dagblad Trouw. 

Er kwam al ,   in  een begeleidend   artikeltje  in hetzelfde  sciencenummer  ,   meteen kritiek uit  (bio) chemische hoek  .
Steven Benner, chemicus verbonden aan de Foundation for Applied Molecar Evolution in Florida, zei in een interview met de nieuwsredactie van Science al dat de vervanging van fosfor door arseen
 „niet is aangetoond door dit werk.”

Benner zat ook bij de persconferentie van NASA.
Hij herhaalde daar zijn kritiek.
Eerste auteur van het Science-artikel, Felisa Wolfe-Simon verkoos het ook  daar, er   nauwelijks op in te gaan. „Er zit absoluut nog wat fosfor in de cellen”, zei ze ontwijkend, „maar dat is niet genoeg om de groei te verklaren.”

Amerikaanse microbiologen .
Volgens Lou Sherman (Purdue University) is zeker niet onomstotelijk aangetoond dat de bacterie arseen in zijn DNA kan opnemen.

Zo ziet een DNA-streng er, schematisch weergegeven, uit. Fosfor vormt een belangrijk onderdeel van DNA: fosfaatgroepen vormen de ruggengraat van de strengen. In deze tekening is die ruggengraat weergegeven als een soort gekleurd lint. (afbeelding: wikimedia)

           

 








- Jim Grover (University of Texas) denkt dat procedurele fouten tot onjuiste gevolgtrekkingen hebben geleid.

George Cody  over
Het  hydrolysis probleem ( al door  Brenner uitvoering  naar voren gebracht )  en de overdreven  claim dat het "andersoortig leven zou zijn "/een " tweede" levensstamboom  
http://blogs.discovermagazine.com/loom/2010/12/07/and-the-skeptics-keep-chiming-in-george-cody-on-arsenic-life/

De  Canadees  Larry Moran  is onverzoenlijk  ( zoals gewoonlijk ) en zit in de hoek van   R  Redfield 
  

Overigens is iedereen het erover eens dat de bacterie zeer bijzondere ( extremofiele ) eigenschappen heeft.
Beslist Science-waardig, aldus Matthijs, maar dan met een andere titel, inleiding en conclusie.

Verzamelde  amerikaanse critici : ( Dossier  van  Carl Zimmer )
http://blogs.discovermagazine.com/loom/2010/12/08/of-arsenic-and-aliens-what-the-critics-said/#more-3742



Vreselijk verhaal
De ontdekkers willen echter niet ingaan op alle loskomende  kritiek.
 
'Een wetenschappelijk debat wordt niet via de pers uitgevochten,' mailt Felisa Wolfe-Simon, na lang aandringen.
Wetenschappelijk  debat  moet  volgens  Wolfe  & all    via peer reviewed publicaties.
 

Jonathan Eisen, University of California, Davis

Microbiologie boegbeeld  Jonathan Eisen  zei  daarover  iets dat hier  ongeveer  op neerkwam ;
Maar het is kompleet  inconsequent  en zelf tamelijk hypocriet  van de onderzoekers om het "resultaat " van hun research  eerst groots in de wereldmedia te melden en dan te zeggen dat de discussie niet in dezelfde media gevoerd moet  worden.




De Canadese microbiologe en blogger prof dr Rosemary ( Rosie)  Redfield
('Hoe kon zo'n vreselijk verhaal gepubliceerd worden?')
 
Ze geeft  ook  te kennen waarom ze "haar " peer review op haar blog heeft laten verschijnen (1) 
Ze  werkt inmiddels al aan een gepeperde ingezonden brief naar Science.

Klassieke peer -review( dat wil zeggen    in de  blaadjes ( zelfs de wetenschappelijke tijdschriften )  en gefilterd door zowel redacties   van  wetenschaps-journalisten alsmede  de door hen  uitgekozen  "peers "  ) schuift altijd  alles  op de lange baan ... het is ouderwets en voorbijgestreefd
Het is ook niet  bereikbaar voor het grote publiek (indien enkelen  van dat   publiek   dat wensen )want het zit meestal goed afgesloten achter een pay-wall

Wat nodig is ,
Het  liefst een erg vlug geformuleerde   kritiek   van en door wetenschappers met de nodige epertise   ... en zo technisch als mogelijk :  daar leent de blogo -sfeer zich uitstekend toe ...

Haast en spoed (was) zelden goed , omdat men veel tijd  nodig had ( en heeft ) om de relevante informatie op te zoeken ... maar , in tijden  van vliegensvlugge  intormatiewisseling , e-mail en zelfs electronische conferenties is dat iets anders geworden  ( alhoewel  terzelfdertijd de  tijd om de  aangeboden overvloed aan relevante informatie te begrijpen en te doorspitten  ook schrikbarend  toeneemt = haast en spoed is dus  nog altijd  zelden goed  ( wat  het verwerven van  individuele begrip  betreft  )       
     
 
Zie over het klassieke( ouderwetse )    "peer review " probleem 
http://sandwalk.blogspot.com/2010/12/value-of-blogs.html
en de daar aanwezige links 
 
Een ander probleem is  het  oudbollige  embargo  gedoe  door gerenommeerde  vaktijdschriften
( en naast hun pay-wall  afscherming )
http://www.joop.nl/opinies/detail/artikel/embargo_regeling_is_niet_meer_van_deze_tijd/

Dat embargo ( een feite een vorm van controle op  "verkoopbare"   informatie =misschien  het oplaten van een ballonetje  ?)  was ___ wil de  "uitleg" van de  wetenschapsblaadjes zelf ___oorspronkelijk bedoeld om  wetenschaps-journalisten   de tijd  te geven  de nodige achtergrondsinformatie  op te frissen en   de ontbrekende  stukjes op te zoeken , vooraleer een persconferentie werd belegd  en  terwijl ze  de studies  onder publicatie-embargo al  vooraf  ter inkijk ( konden)  krijgen ) ...
maar ook wetenschapjournalisten  zitten van langs om meer   tussen hamer en aambeeld  ... ze opteren  dus in toenemende  mate  voor  info-tainment en  bijgevolg ook voor een  grotere omzet  van de produkten van hun broodheer  ...
en ze breken  het "embargo" beslist wanneer dat hen zo uitkomt  ; met name  wanneer   ze  menen dat er in  hun vooraf toegankelijke  info  , "primeurs"  zitten die veel kunnen opbrengen ( ook ideologisch )voor hun bladen en/of hun verdere carrière  ...  
 

Wolfe-Simons co-auteur Ariel Anbar kijkt overigens niet echt op van alle commoties.
'Elk grensverleggend artikel wordt kritisch ontvangen, en zo hoort het ook.
 Skepsis en debat vormen de kern van de wetenschappelijke methode.'


IN FEITE IS HET REVIEW PROCES NOG MAAR PAS  BEGONNEN ,,, DE "inhoudelijke" BAL LIGT NU WEL IN HET KAMP VAN NASA EN WOLFE  & all ... Laten ze hem terug spelen   ipv zich te verschuilen achter de klassieke  peer review ; het is trouwens  ook niet zoiets  als een "proces over een  zedenschandaal of zoiets   " dat  vroeger eveneens   met "gesloten deuren " moest worden behandeld .... toch ?   


Maar dat is niet alles  

De gehele heisa   schijnt ( alleszins in een deel  van de Nederlandse blogwereld  ) nu van langs om meer af   te zakken naar  een  zoveelste poging  om  de   zinloze patstelling   in het  zogenaamde   " creatie-evolutie"debat   , terug op te rakelen(  en  misschien  opnieuw als een  ideologisch politiek wapen te gaan gebruiken)  ...

Uiteraard ligt een   recente  achtergrond-informatie verschaffende  VPRO  uitzending van Labyrinth  mede  aan de basis van  die  algemenere  bekendheid met het onderzoek naar "buitenaards"  leven( en abiogenesis )  , bij de Nederlanders   ....         

Sommige Creationisten vinden  al  die commotie  een nuttig handvat voor hun  propaganda-doeleinden en beginnen alweer  alvast  te roepen dat het hier om een  echte  en bewuste  "vervalsing"( = "Hoax" )  gaat  ...ze roepen meteen ook om hun eigen al lang ge-eiste  ideologische controle van het     onderwijs  in  de  ID- en creationisme  vrije  natuurwetenschappen ... ideologische en   sektaire  richtingen die zelf   geen wetenschap zijn   en dus  in de plaats worden  voorgesteld  van de  exclusief   methodisch naturalistische empirische wetenschap ?

Dat " vervalsing  roepen "( en het herhalen van hun afgezaagde  mantra's )  is   natuurlijk  ook  al altijd  de   tactische  insteek van  complot-theoretici( en andere  deniers )  , die daarmee hun  respectievelijk   gemaakte  en specifieke  vermoedens  en "verklaringen van gebeurtenissen " trachten  te  onderbouwen
 

(Roel)"Alle kenmerken van een complottheorie zijn te vinden bij de creationisten  : ...
Als een "Darwinist" een meetfout maakt, is het een hoax.
En als een "Darwinist" geen meetfout maakt, is het óók een hoax.
Volgens (een )creationist(en) die helemaal nooit iets meet.

(draakhond )
Het gaat bij creationisten  altijd over de onderzoeksresultaten van anderen.
Als er fouten in die onderzoeken zitten *   zitten dan is dat een hint  dat hun  eigen  creationistische  "modellen" en "theorieeen"  een betere verklaring bieden
Als de meetresultaten kloppen, dan worden ze verkeerd uitgelegd ( = niet juist geinterpreteerd ) .
Zouden ze goed geïnterpreteerd worden dan waren ze ook  een bewijs voor het creationistische  model  . "

(De citaten zijn door  mij aangepast  ( zodat ze  weergeven wat ik ervan vind )... de  volledige citaten en de context zijn hier te vinden  :
http://www.vkblog.nl/bericht/359307/De_NASA_hoax...# 70 en #71
Uiteraard zijn de commentaren en  discussies op  dat blog  ook  altijd zeer verhelderend ; ze tonen een  duidelijke voorbeelden   van wat het    "moderne"Nederlandse "weet"  creationisme nu als zijn steun en toeverlaat  in deze "barre  tijden"  kan verwachten   te kunnen puren bij zijn" nieuwste"  coryfee en enkele van zijn nalopertjes      )






* in dit geval  gaat het om "methodische  fouten" die de  verkregen data  onvolledig maakten   en selectief in een bepaalde suggestieve  richting stuurden  ; misschien  zelfs  de vooraf opgestelde  bias / mening dat er een " arseen-wereld" mogelijk is ( en zelfs  mogelijkerwijs   was aan het begin van het aardse leven ) conform de vroeger al geuite mening( en oproep in 2009  ) van  Paul Davis  om naar dergelijke  "schaduwwerelden"( = extremofielen  dus )     op aarde ,   te blijven zoeken ...

Zie bijvoorbeeld  :
http://news.bbc.co.uk/2/hi/7893414.stm  
http://www.newscientist.com/article/mg19826533.600-early-life-could-have-relied-on-arsenic-dna.html

Maar  Hoax of opklopperitis, ook Redfield trekt de oprechtheid van de onderzoekers in twijfel:

"There's a difference between controls done to genuinely test your hypothesis and those done when you just want to show that your hypothesis is true. The authors have done some of the latter, but not the former.

They should have mixed pregrown E. coli or other cells with the arsenate supplemented medium and then done the same purifications."(1)
   

Het gehele  gebeuren werd verder   nog eens gecompliceerd  door de  "berichtgeving " van  allerlei wetenschapsjournalisten , sensatiejournalistiek , hype-fabricanten    en door jan  pier en pol ( zoals hieronder ook ikzelf  )  in de blogosfeer en tot een  eerste  versie  van de    gordiaanse knoop   samengebonden  ....
*
Uiteraard is ook het kompleet  gepasseerde  embargo-gedoe  een  hoofdverantwoordelijke  in dit soort zich  verspreidende   info-kanker  ( zoals hierboven  al vermeld door Govert Shilling  )     

Dat alles  werd gelukkig ook in diezelfde  sfeer nogal vlug  ontwarreld  ... dank zij   enkele   blogger -wetenschappers die niet bang waren hun nek uit te steken ,in te gaan tegen de  plotseling  de kop op stekende hype-trends   en  die ook niet afhankelijk zijn van de  NASA-honingpotten ....

In het bijzonder  :
http://rrresearch.blogspot.com/2010/12/arsenic-associated-bacteria-nasas.html
 
  
Het opkloppen van de sloddervos-studie van F Wolfe  tot een subsidie -wervende  teaser/lokaas ,  ( het gebruik dat de NASA van de studie lijkt te  hebben  gemaakt   ) moet men zeker   niet gaan  ontkennen   ....

Maar er is  toch   ook  (nog ) geen   echt  bewijs voor een 'hoax '( = vervalsing) ,of voor een ideologisch geinspireerde  manipulatie  ,  wel voor  gepruts en gekluns en vooral naive  onvoorzichtigheid   door de wetenschappers in kwestie die ook wel eens zo vlug als mogelijk  een gokje  willen wagen  met wat  onafgewerkte research  en wél  om in de kijker te lopen en eventueel   een goed curiculum te verwerven .
Tsja je kan het wel  " begijpen" ... maar dat is nog  altijd  geen geldig excuus  om het  er zo maar  bij  te laten  ....  

1.- Een hoax is met opzet de boel voorliegen om geld binnen te rijven .
Zo'n claim moet je juridisch aantonen ... meetfouten  of domheden  of  sloddervoswetenschap of voorbarige conclusie jumping , "verdachte(?)"  onvoorzichtige en onzorgvuldige  editing  fouten  en/of  het  ventileren van  meningen  , is niet hetzelfde als met opzet de boel belazeren ....

2.- Opzettelijke  vervalsingen om ideologische redenen ( of om een wetenschappelijke vooringenomendheid  ) zijn doodeenvoudige   grove vormen van  schuldig  en  vooraf gepland   liegen 
Het  veroorzaakt  het verlies van  wat een   ideoloog ( en zeker een wetenschapper ) nooit MAG  verliezen,   ; zijn eerlijkheid  ....
: dat is de  hoofdbasis van zijn geloofwaardigheid  ; het is zelfs een conditio sine qua non van zijn  verdere  discours
en uiteraard  verbrand het  definitief   zijn functie( en  erkend  gezag/getuige  ) in het publieke  debat ,    als  mogelijke  en betrouwbare   richtingswijzer /referentie     
 


Nog enkele interessante  links  in verband met deze kwesties
http://bytesizebio.net/index.php/2010/12/02/a-new-life-form-not-so-fast/




http://www.nujij.nl/vondst-arseenbacterie-in-twijfel-getrokken.10604879.lynkx

( waar ik graag het volgende als conclusie van overneem )
 van O.a     Pot Jan Dorie NT.  D-J  ,
Tenslotte  is   dit gehele gebeuren  een schoolvoorbeeld    van  wetenschap zoals het hoort
Wetenschap gazat uit van het principe  dat iemand anders dan de onderzoekers zelfs  een reden verzint waarom hun ding  niet klopt.
Alleen op die manier kun je ergens   fouten  uithalen / het is het zelfreinigend vermogen van wetenschap ( ook tegenover  de zwaar betaalde  onderzoeken en de carriere wetesnchappers  )  .

Een conclusie wordt pas echt omarmd  wanneer een experiment voldoende reproduceerbaar is?
Maar  ze kunnen  wel beginnen  met  het onderzoeksverslag gewoon  te lezen en dan weten ze dus precies wat er is gebeurt en kunnen ze prima een paar begin-conclusies trekken.
Dat is dus waarom iedereen dezelfde manier van verslagen schrijven aanleert op de universiteit, waarom men allemaal methodenleer krijgt, zodat je juist conclusies kan trekken zonder  ook  steeds maar  wee  het experiment te moeten herhalen.
 
Gaan voldoende wetenschappers zich daar  mee bezig houden dan horen we het wel 

Ik ga ervan uit dat we in de komende jaren een stuk meer over deze bacterie te weten gaan komen, als de onderzoekers tenminste zo schappelijk zijn om ook een paar sampletjes op te sturen naar colega-microbiologen bij andere instituten. "en natuurlijke als eerste voorwaarde   de discussie   willen aangaan  en kritiek van hun collega's willen  beantwoorden  ...


NASA  zelf heeft  al laten  weten dat wetenschappers die verder onderzoek willen doen  , samples van die bepaalde  bacterie- strains kunnen  krijgen 

>En uiteindelijk liet  >Wolfe  Smith weten :
 www.ironlisa.com/gfaj/

De huidige  controversies zouden  dus  wel eens vlugger kunnen worden opgelost dan verwacht 

Zeker wanneer je bedenkt dat  velen hebben  geopperd  dat er "een paar fouten zijn gemaakt die zelfs een  eerstejaars-student  niet meer maakt  " ...

De wetenschappelijk onderlegde  peers en critici   zullen  dus  ook wel zelf kunnen demonstreren hoe het nu echt  goed  moet worden gedaan   ...   

 
Vergrote vacuolen  ?
(zodat opgenomen  arseen gemakkelijker kan worden "celveilig" opgeslagen in afwachting van  definitieve  "afvoer"/+uitscheiding   ? ) 
 

UPDATES  ;
9 december 2010
http://www.nrc.nl/wetenschap/article2647937.ece/Wetenschap_mijdt_grote_vragen_rond_arseenbacterie

Hebben onderzoekers die met zoveel lawaai resultaten presenteren die het wereldnieuws beheersen, niet een morele verplichting om te antwoorden op vragen die hun onderzoek in twijfel trekken?
Ginger Pinholster, persofficier van de AAAS (de Amerikaanse academie van wetenschappen, uitgever van Science), zegt dat de AAAS „een open en brede wetenschapscommunicatie” voorstaat.
Zonder voor de betrokken wetenschappers te willen spreken, kan Pinholster zich wel iets bij hun houding voorstellen. „
Dr. Wolfe-Simon wil dat de reacties op haar artikel eerst door dezelfde peer review gaan als haar eigen artikel. Ik denk dat dat redelijk is. ”

Pinholster is zich er van bewust dat diverse wetenschappers zich al in blogs negatief over het onderzoek hebben uitgelaten.
„Het is niet verwonderlijk dat een zo zichtbaar artikel veel reacties uitlokt”, zegt ze. Dat ook het nieuwsartikel in hetzelfde nummer van Science al flinke kritiek bevatte op het onderzoek is volgens haar „niet ongewoon”. B
ij het nieuwsgedeelte van Science werken journalisten die redactioneel onafhankelijk zijn van het wetenschappelijke gedeelte.

'Onzin'

Hoogleraar Ton van Raan van de Universiteit Leiden die onderzoek doet naar hoe wetenschappers publiceren, vindt het „grote onzin” dat de Amerikanen alleen willen reageren op reacties die naar Science worden gestuurd. „De wetenschappelijke discussie zou in ieder openbaar toegankelijk tijdschrift gevoerd moeten worden. Ik kan mij voorstellen dat Science de discussie graag binnenboord wil houden, maar daar moeten de onderzoekers zich niet van aantrekken.”

Niet reageren op kritiek is iets wat in de wetenschap niet kan, zegt Van Raan.
Van Raan vindt dat de Amerikanen voorzichtiger hadden moeten zijn.
„
Het artikel zet het hele denken over het DNA als uniforme structuur op zijn kop. Als je zoiets ingrijpends wilt brengen, dan moet je erg zeker van je zaak zijn. Dan moeten er in ieder geval experts uit de moleculaire biologie naar hebben gekeken.”

Volgens Van Raan zijn hypes in de wetenschap niet te voorkomen, zelfs niet als collega-onderzoekers het artikel bekritiseren voor het gepubliceerd wordt. „
Hypes zijn er met regelmaat, daar moet je rekening mee houden”, zegt Van Raan.
„Denk maar aan koude kernfusie, het medicijn tegen Aids van de Nederlandse professor Buck of de Marsmeteoriet waarin onderzoekers van NASA 14 jaar geleden dachten sporen van leven te hebben gevonden.'

(1)
Maar ook deze belangrijke (  veel geprezen ) maar haastig geschreven kritiek (=  die op haar blog dus) krijgt  nu  al op zijn beurt enige  tegenwind  in de blogosfeer   ... (Zie de laatste commentaren op Pharyngula )
Vooral wordt  haar voorstelling    aangevochten   dat het nodig  zou zijn geweest  om    specifiek E Coli * te gebruiken : dat zou niet van enig nut kunnen geweest  zijn in dat onderzoek ( en vervolgonderzoek ?)  ...  
http://scienceblogs.com/pharyngula/2010/12/there_are_people_meaner_than_i.php  vanaf  #33
 
* misschien  een andere (?)  "bacterie" dan E Coli  ?/  Alhoewel   E  Coli    het labo-model bij uitstek is  ....

E Coli

_____________________________________________________________________________________________________________________________

(English ) Arsenic Bacteria link-dump
December 7, 2010 by Bora Zivkovic

07-12-2010 om 00:00 geschreven door Tsjok45  

http://www.upi.com/Science_News/2008/08/19/Old-bacteria-relied-on-arsenic-not-water/UPI-20021219165946/
Maar of die  "ontdekking " reeds  in 2008 al  dan niet  werd  gedaan , veranderd niets aan het toch (mogelijk) grote belang  van de ontdekking   ...
Althans wanneer de  reeds  in  2008  geopperde  claim  dat het hier  gaat  over een "andere  " vreemde  essenieele  afwijkende  vorm van leven (misschien zelfs   een  "vertegenwoordiger van een  "schaduwbiosfeer " )   , stand houdt ...
Maw ; het kan  zeker  geen kwaad   om deze ontdekking   opnieuw onder de aandacht te brengen ....

"Arsène "    :    het Lab nageslacht van  de arseen vreter      bacteriestam  GFAJ-1 (still gemaakt tijdens de  life  presentatie )
 


zie --> http://www.nu.nl/wetenschap/2393177/vondst-van-unieke-bacterie-bevestigd.ht
Astrobiologen van  de  NASA hebben het over een bijzonder vreemde  bacterie ( en  na twee jaar  onderzoek werd het resultaat  overtuigend genoeg bevonden en bekend gemaakt )    De  merkwaardige   extremofiel  ontdekt  in 2008  , hebben ze verder gekweekt ( de stam  GFAJ-1 )  met het oog op voortgezet   onderzoek in het lab
Een eerste presentatie van het Nas verhaal  ( voor amerikaanse   leken en pers  ) was   Donderdag 2 december  om 20  uur
live te volgen via NASA TV.

   
NASA Astrobiology Breaking News Conference 12/2/10 Part 1
NASA Astrobiology Breaking News Conference 12/2/10 Part 2/4 
NASA Astrobiology Breaking News Conference 12/2/10 Part 3/4
NASA Astrobiology Breaking News Conference 12/2/10 Part 4 of 4

Veel zaaks was dat persgedoe  ,  als  kommunikatie vaardig  item , helemaal   niet ... en al  zeker niet na alle verwachtingen die waren opgewekt   , niet alleen bleef je hier   zitten op  je honger , maar  het geheel was bovendien  erg  ondoorzichtig  (en vooral ook , naar mijn smaak ,  erg  amerikaans-  naif  en rammelend   gebracht )

Het kan   o.a. ook  figureren  als   een  schoolvoorbeeld van wat  zo  vaak gebeurd  ; Eerst heb je de media heisa  , en 
(  zoals  Dave Pouw al  neerschreef  )" het wordt allemaal veel spannender gebracht dan het eigenlijk is."   
" Kunnen leven op Arsenicum  is  zeker een zeer interessante ontdekking , maar ik ben wel enigszins teleurgesteld hoe groots het werd aangekondigd in relatie tot het echte nieuws. Daarbij vermoed  Dave  .....dat het ook (gedeeltelijk) als subsidie trekker moet dienen."  Maar dit alles  is grotendeels gebaseerd  op  vorm -kritiek  afkomstig van de teleurgestelde toeschouwers met tehoog gespannen verwachtingen   
....Een noodzakelijke  updating dropng  zich dus opnieuw op ..Dat zal nu iets gemakkelijker worden daar het hele gebeuren ook op you tube is geplaatst (Alvast  een paar eerste indrukken  heb ik meegenomen  in het onderstaande  want )  er viel  toch ( dacht ik) wat nieuws  te rapen ___ voor mij althans  en eventueel  voor  de vele  verwittigde  toeschouwer ( die alvast beslagen op het ijs komen  en  gestimuleerd  wxerden  tot het doen van  wat noodzakelijke voorstudie  tengevolge  van  wat  brainstormerij  en zoekwerk  op het internet     ) ...  
Gelukkig  is er meer  dan  de  aarzelende    persconferentie alleen , voorhanden ;
in Sciences verscheen  immer het  korte  artikel   van Wolfe et al , waarover deze persconferentie eigenlijk  ging  ...
(en  ook  Nature gaf  present met een voorzichtig en beknopt   nieuwskommentaar)  
Belangrijk ook  :  De nog donderdag avond   te lezen "   blog  bespreking van PZ Meyers  ... Die goed van de tongriem gesneden  wetenschappers   zette (alweer en naar goede gewoonte )   erg  helder   en degelijk alles op een rijtje ... een grote hulp  en het voorteken  dat er een mogelijk een stroom ( ook  peer review )kommentaren op  gang  zal komen die toch bewijzen dat het om  redelijk belangrijk puntje  gaat  in een boeiend  thema   ... al was het maar om een  "toekomstige voetnoot  in de leerboeken " zoals  iemand het   formuleerde  

 PZ Myers      http://scienceblogs.com/pharyngula/2010/12/its_not_an_arsenic-based_life.php
 "It's not an arsenic-based life form"

There's a lot of news going around right now about this NASA press release and paper in Science — before anyone had read the paper, there was some real crazy-eyed speculation out there.       

".....What they also found, and this is the cool part, is that they(= the bacteria )  incorporated the arsenate into familiar compounds^*. DNA has a backbone of sugars linked together by phosphate bonds, for instance; in these baceria, some of those phosphates were replaced by arsenate.
Some amino acids, serine, tyrosine, and threonine, can be modified by phosphates, and arsenate was substituted there, too.
What this tells us is that the machinery of these cells is tolerant enough of the differences between phosphate and arsenate that it can keep on working to some degree no matter which one is present.
So what does it all mean?
It means that researchers have found that some earthly bacteria that live in literally poisonous environments are adapted to find the presence of arsenic dramatically less lethal, and that they can even incorporate arsenic into their routine, familiar chemistry.           It doesn't say a lot about evolutionary history, I'm afraid.
These are derived forms of bacteria that are adapting to artificially stringent environmental conditions, and they were found in a geologically young lake — so no, this is not the bacterium primeval. This lake also happens to be on Earth, not Saturn, ..... I don't know that it can even say much about extraterrestrial life.
It does say that life can survive in a surprisingly broad range of conditions, but we already knew that.
So it's nice work, a small piece of the story of life, but not quite the earthshaking news

*  I've had it pointed out to me that they actually didn't fully demonstrate even this. What they showed was that, in the bacteria raised in arsenates, the proportion of arsenic rose and the proportion of phosphorus fell, which suggests indirectly that there could have been a replacement of the phosphorus by arsenic.     ...."

Dat arsenicum de plaats inneemt van fosfor moet volgens vele sceptici  nog  beter bewezen worden, want DNA met arsenaat is wel erg onstabiel bij de hedendaagse  temperaturen van dit meer, . Als ik het goed begrepen heb is het gegeven  dat er arsenicum in het DNA zit  alleen met blotting aangetoond .Het is dus  indirect (ongeveer) aangetoond maar hoe of wat , dat wist Wolfe  niet en dat zegt ze ook eerlijk.


Astrobiologie is, zo herinnerde  de NASA life uitzending  , al  meteen bij het begin  de kijkers en luisteraars   
"de studie van de oorsprong, de evolutie, de verspreiding en de toekomst van leven in het universum"

- Dat scheikundig element werd tot nu toe beschouwd als ongeschikt  om leven te  kunnen  ondersteunen.
(Dat arseen   ook nog eens  erg giftig is voor veel andere wezens   , is  wel waar   maar   niets bijzonder    :  het  levensnoodzakelijke  element dat het ( volgens het onderzoek ) vervangt = Fosfoor ,  kan immers  ook giftig zijn ....zelfs zuurstof kan giftig zijn   ) 

Fosfor werd al altijd  beschouwd als  een  onmisbaar levens- element ( en ik bedoel daarmee het  scheikundige  element --> het fosfooratoom)    van een  zestal elementen   = CHNOPS
 ( maar natuurlijk zullen  crea's  erop hameren ( doen ze al meteen  , zoals ik  deze week al  kon merken )  dat  leven  meer is dan   zes  " basisonderdelen  "  ; ze hebben  natuurlijk  gelijk  maar dat  is  zo wanneer  ze  wijselijk  verzwijgen dat het over een  klein  aantal  scheikundige elementen ( atomen ) gaat   en niet over de vele  levens onderdelen / organische   verbindingen ( in assimileerbare vormen  ) waar die  elementen in functioneren als  wezenlijke componenten   van het  scheikundig stramien  ...Bovendien zullen ze wel weer gaan schermen met de "immateriele"   componenten ( vroeger was dat het élan vital ( vitalisme ) , tegenwoordig is dat een stroman -versie van  het  "informatiebegrip" .... en flirten met het wholisme :" het geheel is meer dan de delen" ,  weet je wel ...en andere gemeenplaatsen die zelfs  het emergentieverschijnsel ( jawel ook uit de chaostheorie )  in hun santenkraam inbrengen , te pas en te onpas    ) 

 Niettemin is deze gevonden   extremofiel  een anderssoortige levensvorm dan de levensvormen  die wij hier op aarde  ( tot nu toe ) normaliter aantroffen. En zelfs onder extremofielen zou het wel eens  het eerste  ontdekte   buitenbeentje  kunnen zijn met een  gesubstitueerde  variant van het DNA ( misschien volgen er nog ? ) Het feit dat dit soort  dingen nu pas wordt ontdekt , betekent natuurlijk niet  dat ze niet al die tijd al aanwezig waren op de  aarde  .... bewijs dat het van buitenaardse oorsprong is , is het dus geenszins  

DNA ( ook gedeeltelijk) gebaseerd op arsenicum is echt iets bijzonder .....
Iedereen die dat  ontkent  ( bijvoorbeeld  om deze deze  vondst minstens te minimaliseren  ) weet niet waar ie over praat.... 
Zo bestaat   notabene de ruggegraat van de dubbele  helix van het  DNA   ( tot nu toe  als )obligaat (bevonden )  ook  uit   fosfor
ATP kan ook niet zonder  :
Dr Dartnell (London)
“Phosphorous is key and absolutely essential for life.
It forms the backbone of DNA.
Every form of life of Earth we have known so far depends on phosphorous as well as another molecule called ATP, an energy storage molecule, or biological battery.
 http://skymania.com/wp/2010/11/alien-life-form-is-here-on-earth.html 30 november )

De bacterie is ontdekt  op een eiland  in Mono Lake, nabij het Yosemite National Park in 2008
dat LAKE  is een (geologisch) vrij recente  watermassa vol met arsenaten  ( hee ja er zijn eveneens fosfaten aanwezig )  

met gif  vermengd   water   ... maar toch leven  http://nl.wikipedia.org/wiki/Mono_Lake
http://www.thesun.co.uk/sol/homepage/news/3253913/NASA-researchers-find-life-in-poisonous-arsenic-lake-in-USA.html

 

mono lake  http://en.wikipedia.org/wiki/Mono_Lake
http://www.dailymail.co.uk/sciencetech/article-1334628/Astrobiology-findings-Alien-bacteria-lives-arsenic-Californian-lake-opens-search-life-planets.html
Het is lang niet de eerste keer dat   arseen-eters  zijn ontdekt   
(Bijvoorbeeld) Ook in Lake Searle zijn   dergelijke  extremofiele microben maar van andere groepen, gevonden   ( spirocheten geloof ik ) In 2008  verklaarden  astro- biologen  van  USGS  en   betrokken bij het   eerste  onderzoek  (en vervolgonderzoek  )naar de bacterieën  in Lake mono  : en ontdekking  onder hen van " arsène "  
" The findings add an important dimension to the "arsenic cycle "and highlights a previously unsuspected process that may have been essential for establishing the arsenic cycle on the ancient Earth,"
*  De  arseen-cyclus  treed  op   wanneer bepaalde  enzymen  in  microorganismen   inorganisch  arseen  gaan  omzetten   in organisch  arseen  
Die zo genoemde   arseen cyclus wordt tegenwoordig intensief bestudeerd  omdat  studies  daarover  een  verhoopt middel kunnen  verschaffen die chemische vervuilingen  met dit  giftig  element kan  saneren  
Research naar  en verder kweken van -  dergelijke  microbieele  gifsnoepers allerlei , begon nadat een bacterie werd ontdekt  op een Japans  chemisch stort die in staat was bevonden   nylon te verteren  .....   
Ondertussen zijn   reeds    andere organismen bekend( en verder gekweekt )  die dergelijke   jobs ( ook arseenvervuiling ? ) kunnen uitvoeren  ....   
( zoek op google) [PDF] The microbial arsenic cycle in Mono Lake, California
http://en.wikipedia.org/wiki/Prebiotic_arsenic
" While arsenic tolerance and exploitation has been demonstrated to exist in these modern extreme biospheres it has not yet been demonstrated to exist phosphorous-free. Some may argue that an arsenic-based DNA backbone would be too unstable to sustain life "

Volgens het  nu  gepubliceerde   vervolg laboratorium onderzoek (in sciences )  van het team rond de  ontdekster van deze bacterie , Wolfe ( en dus ook op de  pers conferentie )    kunnen die bacterieen  arseen  gebruiken :   en  niet alleen maar  als voedsel  en  in hun metabolisme  maar ze kunnen  arsenaten  ook  aanwenden  voor  de  aanmaak van essentiële nucleïnezuren (ook in hun  DNA, & uiteraard ook RNA) tijdens  hun   verdere  groei ( en  dat houdt  noodzakelijk ook hun vertikale en horizontale  verspreiding in  ): nml   arseen als   uiiteindelijk  atomaire substituten voor fosfor-atomen  in hun DNA  
Er zit dus (met andere woorden )  arseen op sommige plaatsten waar anders fosfor zit in de  DNA -helix
en dat is een claim die door Wolfe opnieuw  expliciet  werd gemaakt tijdens de uitzending en wel   dmv van een  ....
afgelikt animatie -filmpje  



Vooral PZ Meyers  maakt het in zijn  commentator  verder  duidelijk :
Het is, volgens  hem  , de  belangrijke  claim ( 'cool'part )  die deze  research en ontdekking  scoorde    :
 
Blijkbaar zijn er dus ( natuurlijke) levensvormen op aarde  die het zonder fosfor kunnen  doen  en dat  noodzakelijke  element vervangen door arsenicum
Steve Benner was ook aanwezig tijdens de uitzending  / 
 in wezen vertelde hij ( part 2 op you tube )  net hetzelfde  ;  het  reeds  bekende biochemische  verhaal  :
"The only stumbling block to the idea is that arsenic-based DNA tends to break down quickly. "You don't
want to build your DNA out of a compound with a half-life in the order of a couple of minutes,"
 ....it could be a good thing in extreme cold, where chemical reactions move
very slowly. Microbes living in Antarctica or on Saturn's moon Titan might find  phosphate-based DNA
too sluggish to work with and have evolved to take advantage of faster-reacting arsenate instead."
PIERRA  http://www.vkblog.nl/bericht/358495/Persconferentie_NASA#commentaar(Uit de link naar New Scientist)
Wolfe repliceerde (half en half )  dat  de data  die haar onderzoek opleverden  , wel degelijk wezen op  die arseensubstituties in het DNA van de bacterie  onder de huidige aardse omstandigheden en temperaturen  ...
Hoe minder sterk die  arseenverbindeningen ook mochten zijn in vergelijking met hun fosfoorevenknieen  ...?   is , volgens haar ,  een  probleem dat  ook ten dele  aan de scheikundigen   moet   worden overgelaten  Die  zullen  de verkregen  data  moeten verklaren binnen hun  eigen denkmallen, vakgebied   en  verworven  kennis ipv de data zelf  meteen  te trachten van de tafel  te vegen   of vooraf ongeldig te verklaren   ( uiteraard mag de  geldigheid van  de methodes  die  deze data hebben  opgeleverd worden nagegaan / gekontroleerd op fouten  en/ of vooringenomen partijdigheid     )
Een nogal flauw repliekje dat   aantoont dat het verdere   grondige  en belangrijke  onderbouw- werk eigenlijk  rond de claim nog moet beginnen .. of zelf voorbarige conclusie-jumping kan zijn  
Afwachten dus .. net zoals bij de duivenmelkers  ...  
Ondertussen  verklaarden  Wolfe-Simon et all  in  (www.nature.com/news/2010/10120..)
dat   " there is a lot more to be done. The first step is to see whether these or other bacteria replace phosphate with arsenic naturally, without being forced to do so in the lab..."
Kan het  ,  oppervlakkig gezien  toch ,   nog   altijd  worden beweerd  dat de gevonden resultaten  allemaal  gevolgen zijn van het verblijf  in het lab van die  bacteriestam  GFAJ-1  d ie in het lab verder werd gekweekt op erg rijke  arseenbasis en met  "alle voedingsstoffen vitamines , andere mineralen  , spoorelementen   enzovoort , enzovoort "  erop en eraan , maar met  weinig  en wisselende  fosfoorpercentage al naargelang   verscheidene  kolonietjes afstammelingetjes     ?

PZ Meyers  : 
What they showed was that, in the bacteria raised in arsenates, the proportion of arsenic rose and the proportion of phosphorus fell, which suggests indirectly that there could have been a replacement of the phosphorus by arsenic.     ...."

( creato  PB)"Het zijn gewoon bacterien die zich in het lab aangepast hebben aan een omgeving met arsenicum"

Ontdekking , het kweken en het (genetisch) manipuleren van "gifsnoepers zijn niets nieuws en worden nu al ingezet voor bodemsanering en het neutraliseren van gifstorten ....Het is juist dat  bacterieen uiterst flexibel zijn  o.m. ook  door hun massale groei en  een snelle generatiewisselingen    ( en zelfs onmisbaar  voor al het andere "complexere " leven ) en ze bezetten ongelooflijk veel biotopen  tot in de diepste lagen der aarde toe ....
(extremofielen , chemotrofen , anaeroben ,aeroben , zwavelwaterstof -ademhaling ( HSO2) .....U vraagt en de bacterieen hebben het in huis )Hoe dacht je trouwens dat het basismateriaal oftewel de bacterieeen die verder kunnen worden gekweekt als saneerders van allerlei mens-gemaakte afvalprodukten en giften( die vroeger niet eens bestonden ) worden opgespoord ?Door ze te gaan zoeken op gifstorten natuurlijk ... waar de  evolutie ze zelf al heeft laten onstaanDie voorlopige evolutie eind-produkten gebruiken als startmateriaal spaart trouwens heel wat tijd en geld ...Persoonliijk denk ik dat er ons nog vele verrassingen te wachten staan uit de microbieele wereld

In de  eerste  lab opstelling zat volgens Wolfe  niet genoeg fosfor om de groei van de bacterie volledig te verklaren.
Dat zou betekenen dat er ook arseen was opgenomen.

....Als die bacterie geen arsenicumvoedingsbodem heeft gedijt ie niet....?
Wolfe  liet zich  ook  terloops ontvallen  ( tijdens haar repliek aan Benner )  dat er  met haar team wordt gewerkt aan  de redactie van een  binnenkort te verschijnen  studie van (  de  haar reeds bekende  )resultaten van  verdere  kweekexperimenten op fosfoorsubstraat met  weliswaar zeer  weinig arseen ...
We weten dat de natuurlijke  bacterieen in het  meer  niet arseen afhankelijk zijn     ... maar geldt hetzelfde voor de verder gekweekte "stam" ? ( wat wordt hier  dan  gesuggereerd door dat geheimzinnig  "ik weet al wat jij niet weet ? " )....  wachten dus 

Zich  ergeren aan Felisa.
( JeroenJ  03-12-2010   op het hieronder vermelde  "creationistische " blog van PB )
" een begrijpelijke houding voor iemand die zijn baan wil houden, maar wetenschappelijk is het natuurlijk vertragend
....De bacteriën "Thrived" in hun potje zonder fosfor met veel arseen, zei ze eigenlijk .... 
Ze suggereerde daarmee dat de bacteriën liever arseen hebben dan fosfor.....
(Kan men in  het vervolg  toch  niet ) wat duidelijker  te horen te krijgen wat wél en wat niét gevonden is. ? 
Ik begreep dat er in DNA blotjes "met DNA geassocieerde arsenicum verbindingen" zijn gevonden.
Vragen over of, en in hoeverre, dat daadwerkelijk in de DNA ruggengraat zat , werden omfloerst beantwoord, maar zeer dwingend suggestief in een gelikte animatie vertoond.
ATP werd wél genoemd in een suggestieve context, maar van functioneel ATAs is voorlopig geen sprake.
Ik snap niet waarom er niet eenvoudig wat DNA van de bacterie in de GCMS gekieperd is, of waarom er niet een groeiexperiment heeft plaatsgevonden om een voor groei optimale verhouding P/As te bepalen.
 
Verder werd  door felisa   aangestipt   dat   nu  ook   geavanceerde genoomsequentie(s)  van deze bacteriestam  zich opdringen 
De wetenschap verwacht  , naar zij  ook nog  zegt, dat het nog heel lang gaat duren voordat men van die data  chocolade(letters) van zal kunnen maken.
Dus vooralsnog nog is het meeste wat er wordt uit (speculatief ) afgeleid  uberhaupt ook al   een wassen neus.     
 
Ondertussen   lijkt  dat alles te kunnen betekenen   dat  de microbe onafhankelijk van andere  uitsluitend   op  fosfoor - DNA gebaseerde levende organismen ,  geëvolueerd kan  zijn   ...? .
Dit .is  natuurlijk  belangrijk voor de zoektocht naar buitenaards leven, omdat tot nu toe werd aangenomen dat primitieve levensvormen alleen zouden kunnen  bestaan  ( of misschien slechts kunnen   ontstaan )op basis  van ( of bij aanwezigheid  van )  fosfor.
Maar het betekent veel meer dan dat alleen ....
Is dit  ook een aanwijzing   dat leven  misschien  twee keer is ontstaan op aarde?
(  of  zijn de in het meer  gevonden  bacterieen maw  afstammelingen van zo'n  "andere" levensvormen  ) 

"Arsène "GFAJ-1 is    alleszins  een  extremofiel
 -  extremofielen  als "aparte " maar niettemin  in het gewone  levende  inpasbare   levensvormen( dus  ook voorzien van  fosfor metabolisme )  zijn  allang ontdekt en als dusdanig erkend  ... Daaronder zitten   HSO2 (=  rot eigeurtje ) zwavelwaterstof ademhalers  en al die chemotrofe weirdo's  uit  het   black-( en ook  het " white"  ) smokers pandemonium ( the lost city , bijvoorbeeld )  
Substitutes waren allang bekend zoals ook hyperthermofielen zwavel kunnen gebruiken in plaats van zuurstof.
Zo mag je misschien ook verwachten dat hyperthermofielen het prima doen in een omgeving waar Zwavel wordt vervangen door selenium.
Zwavel en selenium lijken chemisch gezien nog meer op elkaar dan zuurstof en zwavel.
-->extremofielen
Het rare hier  is   echter  dat de bacterie arseen niet alleen kan arsenicum consumeren, maar  het ook kan gebruiken als ruggegraat voor het eigen  DNA.( en dat is de hoofdclaim in deze hele hype   en die is niet voldoende onderbouwd )

Dr Dartnell( LONDON ) 
(eerder deze week 30 november 2010)   
 http://skymania.com/wp/2010/11/alien-life-form-is-here-on-earth.html/  " ......There is no reason to expect that life arose just once on Earth. It could have arisen any number of times. The only reason that all life we have found so far has all descended from the same progenitor – the same mother of life – is because we’ve been looking for life in the same way.But if you start looking in extreme environments like Mono Lake, where our kind of life doesn’t survive very well, that’s where you find fundamentally different life forms with a separate origin. They’re aliens  *, but aliens that share the same home as us. "
(*Alien betekent  : vreemd(en)   , niet meer dan dat  ,  en  dat is dus niet noodzakelijk  =  een " buitenaardse"  vreemdeling )
  
Leven zou zich dus ook d.m.v. andere elementen ( = substitutieve elemnten  )   kunnen vormen dan die ons tot nu toe bekend zijn.
Dat is nogal een aardverschuiving  Maar  Is dit  wel  een  echte  “nieuwe” (onhafhankelijk onstane )levensvorm    ipv een aangepaste  evolutionair ontwikkelde afstammeling uit   een meer  conventionele  levensvorm   =
is er  op  onze planeet   minstens   een tweede vorm van anders-soortig leven onstaan ? 
of   heeft  het gevondene zich  "evolutionair"  ontwikkeld uit het "andere leven" ?= namelijk -->   het is   een extremofiele bacterie   die erin geslaagd is  zijn fosfor  opportunistich  te vervangen  door  arsenicum -->
Net zoals  sommige langdurig  zich voortplantende   coli-  bacterieen  populaties  in de  LENSKI experimenten  hebben gedaan  en dmv " gelukkige"  mutaties    zijn overgeschakeld op een andere "voeding " ....
Maar  hier  is  bovendien nog   eens   expliciet  sprake van  het vervangen van enkele  materieele  basisingedrienten ( elementen ) die elkaars functies kunnen overnemen op beopaalde plaatsen  binnen     DNA  /RNA -     ...?  en dat is nooit gezien ? ook niet in de lenski experimenten ?
-De bacterie  is  dus , hoe dan ook    , toch een intrigerend en  een  vreemd buitenbeentje   :
" een uitzondering op de regel " zei Wolfe
-Het suggereert  tevens  dat het aardse  leven  zoals we het tot nu toe kenden , geen unicum is  . -Het zou   tevens   een welkome  eerste  vergelijkingsmodel met het reeds bekende " aardse " leven kunnen bieden

2.-  De microbe uit Californië zou  suggereren dat leven ook kan  op planeten waar geen fosfor  aanwezig is.
“Dit is een spannende ontdekking”, verklaart astrobioloog Lewis Dartnell in The Sun. “Als deze organismen arsenicum(kunnen)  gebruiken bij ( al was het alleen maar in )hun  metabolisme,( maar het is dus duidelijk ook  een  vervanger  element  van de fosfoor in gedeelten  het DNA )   is dat een bewijs dat er andere vormen van leven ( ook op deze aarde )  bestaan dan de levensvormen die we nu kennen.”
Oftewel: de kans dat wetenschappers leven aantreffen op planeten en manen, zoals Titan, Europa en Mars, wordt alleen maar groter.
-Onderzoek ( ook naar buitenaards  leven ) kan  je uiteraard   pas  beginnen  doen op basis van dingen die je vind   in de  aardse omgeving--->  -Over het onderwerp 'leven' hebben we vooralsnog alleen waarnemingen hier op aarde.
Ook de vindplaats  Lake mono  is   aards  ...
-Dat je  verder   eerst naar  op zuurstof levend  en op koolstof  gebaseerd leven gaat zoeken is nogal wiedes 
We weten namelijk zeker dat die grondstoffen keuze   gecompliceerde vormen ( en zelfs  intelligentie)  kan bouwen . Dus zoek je daar het eerst naar. Er wordt al heel lang gespeculeerd op  andere mogelijke levensvormen maar een belangrijk  probleem daarbij wordt ook gelijk erkend ;  zouden wij die "anderen"  nog ooit  kunnen  herkennen als levensvorm? -De ontdekking   geeft in ieder geval  aan dat extreme omgevingen  niet automatisch leven uitsluiten .  ....Maar dat is niets nieuws ... extremofielen zijn al lang als dusdanig gekend en erkent 
  
Fosfor en Arsenicum lijken  erg sterk  op elkaar. Het  zijn buren  in de tabel van mendeljev   Het is dus voorstelbaar dat de "forfor" microbe zich heeft aangepast en in het Lake is omgevormd naar een "arsenicum" microbe.
Ouderwets aards maar dan een tikje anders..
Het leven  is echter   veel flexibeler  dan ooit is gedacht 

01-12-2010 om 00:00 geschreven door Tsjok45