Endoscopie kan gebruikt worden om tot een diagnose te komen (bijvoorbeeld diagnosticeren van aspergillose-letsels in de luchtzakken) maar kan ook gebruikt worden om het geslacht te bepalen bij vogels waar er uitwendig geen duidelijk onderscheid te zien is tussen pop en man. Soms is dit uitwendig geslachtsonderscheid pas op latere leeftijd te zien en dan kan endoscopie al het geslacht duidelijk maken op vroege leeftijd. Geslachtsbepaling wordt nu meer en meer gedaan door middel van DNA-onderzoek waarbij een druppeltje bloed of enkele (vers geplukte) veren al voldoende zijn.

Het voordeel van endoscopische geslachtsbepaling is dat afwijkingen in de buikholte op die manier aan het licht kunnen komen. Sommige kwekers gebruiken deze methode om vogels die op vroege leeftijd al een goed ontwikkelde eierstok of testikel hebben, als kweekvogel verder te houden. De minder ontwikkelde vogels worden te koop aangeboden.

Op onderstaande foto's wordt een blauwgele ara kort met een gasanestheticum verdoofd (isofluraan). Er wordt aan de rechterkant, achter de laatste rib een kleine insnede in de huid gemaakt. Met een fijne peantang worden de onderhuid en spiertjes van de buikwand voorzichtig gekliefd. Daarna wordt een trocart in de opening geduwd , waarlangs we de endoscoop in de buikholte brengen. Hierdoor kunnen we de eierstof of testikel in beeld brengen. 

Er wordt dan een certificaat geschreven waarbij vermeld wordt of de vogel een pop of man is, met vermelding van ringnummer of chip.