Als kuikens heel vroeg in hun leven besmet worden met het virus, is hun immuunsysteem nog niet voldoende ontwikkeld om het viurs als 'lichaamsvreemd' te herkennen, dus gaat het kuiken er ook niet tegen 'vechten'. Ondertussen kan het virus zich in de zenuwen en de hersenen nestelen en langzaam zijn vernietigende werking doen. Op die manier ontstaan er op den duur verlammingen.

 De ziekte kan acuut, maar ook chronisch (traag) verlopen. 

Typisch zijn de pootverlammingen, maar ook andere zenuwen kunnen aangetast worden. Zo kunnen zelfs de zenuwen van de krop in uitzonderlijke gevallen aangetast worden, waardoor de krop niet wil ledigen en waardoor ze een zure (kropverzuring) of harde krop krijgt (vaste delen zoals gras die vast komen te zitten in de krop en en soort harde 'bal' vormen). Dit maakt de diagnose van Marek in het begin soms heel lastig. Het zijn niet altijd de schoolvoorbeelden die je tegenkomt, waarbij de kip met één poot vooruit en één poot achteruit zit. 

Daarenboven kan Marek ook tumoren geven. Afhankelijk waar de tumor in het lichaam zit, of waar de tumor op duwt, zullen dus ook andere symptomen zichtbaar worden, die soms niet meteen in de richting van Marek doen denken.