Alhoewel geslachtsbepaling bij vogels nu veelal via DNA-onderzoek gebeurt (bloed of veders), wordt dit nu en dan op aanvraag nog endoscopisch gedaan. Op die manier kunnen we ook beoordelen of er vergroeiingen of andere tekenen van infectie zijn in de buik.

Endoscopie kan ook ophelderen of de reden van onvruchtbaarheid bij de man of de pop te zoeken is.

Tevens kan de ontwikkelingsgraad van de geslachtsorganen (ovaria of eierstokken, testikels) beoordeeld worden.

Eerst wordt de vogel verdoofd door middel van gasanesthesie (een mengsel van zuurstof en verdovingsgas). Dit gebeurt door de vogel in een masker te schuiven. Nadat de vogel verdoofd is plaatsen we een passende ring over de kop van de vogel. Op die manier ademt de dierenarts zo weinig mogelijk anesthesiegas in. De plaats van incisie wordt ontsmet. Daarna wordt achter de laatste rib een kleine insnede in de huid gemaakt. Door middel van een trocart (hol buisje met daarin een pen met scherpe korte punt) wordt de buik geperforeerd. Dit gebeurt op een plaats waar geen organen onder de huid liggen, waardoor er geen kwetsuren kunnen gebeuren. De pen wordt uit de trocart verwijderd en een endoscoop (een buisje met lens verbonden met een lichtbron) wordt in het hol buisje van de trocart geschoven tot in de buik. Op die manier krijgen we een goed beeld van de geslachtsorganen, nieren, bijnieren, milt en luchtzakken). Wanneer het geslacht is bepaald en alles goed is bekeken wordt een hechting op de huid geplaatst en na enkele minuten is de vogel al bij bewustzijn.