Een van de belangrijkste onderzoeken bij vogels is nog altijd het mestonderzoek.

De uitwerpselen van een vogel zijn een spiegel van zijn gezondheid.

Belangrijk om weten is, dat de urine en de stoelgang langs een gemeenschappelijke opening het lichaam verlaten, nl. de cloaca.

Dit betekent ook dat nattere uitwerpselen niet noodzakelijk door diarree veroorzaakt worden, maar evenzeer het gevolg kunnen zijn van een overmatige urineproductie.

Bij het binnenbrengen van een zieke vogel is het belangrijk dat de eigenaar reeds thuis een krantepapier onderaan de kooi van de vogel legt, zodat we een idee hebben hoe de uitwerpselen er uitzien. Uitwerpselen onder stress-omstandigheden (bv.tijdens transport) kunnen er anders uitzien dan thuis, en kunnen een verkeerd beeld geven.

De mest zelf kan microscopisch onderzocht worden op wormeieren, coccidiose (darmparasieten) en er kunnen speciale kleuringen op toegepast worden, zodat bacteriën beter zichtbaar worden.