Na de verheffing van het christendom tot staatsgodsdienst kwam er ook een grondige verandering in het soort kerkgebouwen.

Naast de centrale cultushal werden ook aparte gebouwen en kamers voorzien voor andere functies als het toedienen van het doopsel, het onderdak verlenen aan de voorgangers of zelfs soms reizigers en ruimtes waar men armen kon opvangen en helpen. Het huis van God, Domus Dei, was maar een deel van het groter huis, Domus Ecclesiae. De secundaire functies waren ‘wonen en slapen’, ‘eten en drinken’, ‘dansen’, ‘verkoop van goederen’, ‘bijeenkomsten’, ‘rechtshandelingen’, ‘aankondigingen’, ‘opslagplaats’, ‘onderwijs en bibliotheek’. Net zoals gebruikelijk was in de Griekse en Romeinse tempels werden kerken gebruikt voor incubatie. Gelovigen hoopten door te overnachten in een kerkgebouw dat zij zouden genezen. Soms verbleef men verschillende dagen in het gebouw en ging het verblijf gepaard met baden. Verschillende teksten over wonderbaarlijke genezingen zijn tot op vandaag overgeleverd. Men kende ook reeds een soort van kerkasiel. Dit gebruik werd eveneens overgenomen uit het heidendom. Het woord asiel gaat overigens terug op het Griekse woord άσυλον of  asylon, dat verwees naar de onschendbare heilige plaats. Oorspronkelijk werd voornamelijk de altaarruimte, en in tweede instantie de gehele kerkruimte door het ius sanctuarii van de Romeinse overheid erkend als ‘heiligdom’.

De agapè-maaltijd, die in de apostolische tijd een vast onderdeel van het christelijk vieren was, wordt een punt van betwisting in de tijd van de kerkvaders. Ambrosius van Milaan zou een van de belangrijkste tegenstanders worden, mede doordat ook Augustinus zijn visie door hem liet beïnvloeden. Canon XXVIII van de synode van Laodicea (ergens tussen 343-381) is overduidelijk:

“Het is niet toegestaan feesten van liefde, zoals ze worden genoemd, te houden in een huis van de Heer, of een kerk, noch is het toegestaan te eten of banken te plaatsen in het huis van de Heer.”

Ondanks het feit dat vele agapè-maaltijden een nobel doel hadden, zoals het verstrekken van eten aan de armen, moeten zij vaak zijn uitgelopen op braspartijen. Niettegenstaande bleef op vele plaatsen de agapè-maaltijd of gelijkaardige feesten in gebruik. Met het dansen in kerken was het anders gesteld. Het gebruik om op belangrijke feesten te dansen in kerken werd door verschillende bisschoppen en synodes verboden. De verkoop van dranken en allerlei andere goederen onderging hetzelfde lot.

Het gebeurde dat kerken als opslagplaatsen gingen dienen voor waardevolle goederen, graan en dieren. Dit werd enkel bij uiterste noodzaak toegelaten, bijvoorbeeld ten tijden van oorlog of belegering. De kerkgebouwen waren immers meestal centraal gelegen en betrekkelijk stevige constructies. Uitzonderlijk werden ook dieren van reizigers in de kerk toegelaten. Maar ook hier gold dat het uit noodzaak moest zijn.

Doordat de bisschop jurisdictie bezat werd er ook recht gesproken in kerken, of toch zeker in het secretarium of de sacristie. Zoals we vandaag nog het gebruik van zweren op de Bijbel kennen, zo bestonden er ook gelijkaardige rituelen met de altaren of graven van heiligen. Het gebeurde ook dat documenten met een juridische waarde werden opgesteld en ondertekend op deze plaatsen. Kerken werden eveneens gebruikt om wetten en beslissingen van de Staat af te kondigen.