De bevaarbare waterlopen in Vlaanderen worden beheerd door de waterwegbeheerders van het beleidsdomein Mobiliteit en Openbare Werken (MOW). Het beheer houdt in dat deze waterwegbeheerders zorgen voor de aanleg en onderhoud van de waterweg, de oevers, de gronden erlangs, de bruggen en sluizen. Verder leveren zij vergunningen, concessies of andere toelatingen verbonden aan de waterweginfrastructuur af.

Er zijn verschillende beheerders die elk verantwoordelijk zijn voor bepaalde waterlopen:

nv De Scheepvaart

nv De Scheepvaart beheert en exploiteert volgende waterlopen:

• het Albertkanaal en kanalen ten noorden ervan (vanaf Kanne/Eben-Emael tot en met Straatsburgdok)
• de Kempense kanalen waaronder:
  • kanaal Bocholt naar Herentals
  • kanaal naar Beverlo
  • kanaal van Dessel naar Kwaadmechelen
  • kanaal Dessel-Turnhout-Schoten
  • het dok van Merksem
• de Schelde-Rijnverbinding
• de gemeenschappelijke Grensmaas
• het kanaal Briegden naar Neerharen
• de Zuid-Willemsvaart (Belgisch deel)

Waterwegen en Zeekanaal NV

Waterwegen en Zeekanaal NV en zijn territoriale afdelingen beheert en exploiteert de bevaarbare waterwegen in het westen en in het centrum van Vlaanderen. Deze waterwegbeheerder heeft drie territoriale afdelingen: de afdeling Zeeschelde, de afdeling Bovenschelde en de afdeling Zeekanaal.

Agentschap Maritieme Dienstverlening en Kust en afdeling

Agentschap Maritieme Dienstverlening en Kust is verantwoordelijk voor de beveiliging van de Vlaamse Kust tegen overstromingen en ijvert voor een geïntegreerd en duurzaam beheer van de kustzone. Verder draagt het Agentschap zorg voor veilig en vlot scheepvaartverkeer van en naar de Vlaamse Havens.

Afdeling Kust van het Agentschap Maritieme Dienstverlening en Kust staat in voor de beveiliging en de economische, ecologische en recreatieve ontwikkeling van de kustzone. Ze voert haar beleid en opdrachten uit met het 'samenleven met de zee' voor ogen.

De afdeling Kust beheert:

• het strand en kustduinen
• de infrastructuur van de jachthavens aan de kust
• het kanaal Brugge-Oostende
• andere kustkanalen
• de Ijzer en Ijzerbekken

Afdeling Martieme Toegang

De Afdeling Maritieme Toegang van het beleidsdomein Mobiliteit en Openbare werken vrijwaart, beheert en onderhoudt alle maritieme toegangswegen tot de Vlaamse zeehavens van Antwerpen, Gent, Oostende en Zeebrugge.