De ambitieuze en aantrekkelijke politierechercheur Eva (Angela Schijf) moet in eerste instantie niets hebben van Floris Wolfs (Victor Reinier), de ervaren collega uit Amsterdam die haar nieuwe partner wordt. Terwijl de strijd tegen de misdaad in en rond het prachtige Maastricht steeds heftiger vormen aanneemt, groeien zij echter onweerstaanbaar naar elkaar toe. Flikken Maastricht is de zeer succesvolle Nederlandse versie van de Vlaamse serie 'Flikken'.
Eva van Dongen (Angela Schijf) en Floris Wolfs (Victor Reinier) zijn terug! Het tweede seizoen van de zinderende Nederlandse politieserie Flikken Maastricht begint waar de eerste reeks eindigde. Wie loste het, wellicht fatale, schot op rechercheur Wolfs? En wordt Eva gestraft voor het negeren van een duidelijk bevel waarmee ze haar collega in levensgevaar bracht?
Eva moet kiezen tussen de twee belangrijkste mannen in haar leven. Accepteert Wolfs haar keuze wel? Is Frank wel helemaal verlost van de criminelen die het op zijn zaak voorzien hadden? Marion wordt wijkagent en moet meteen diverse keren in moeilijke situaties optreden. Als ze dan ook nog met doodsbedreigingen te maken krijgt, valt het politiewerk haar zwaar. En ook Romeo heeft grote relationele problemen. Gastrollen worden gespeeld door onder andere Micky Hoogendrijk, Daniël Boissevain, Chiem van Houweninge, Romijn Conen en Tanja Jess.
In het vierde seizoen worden de verhoudingen binnen het Flikken Maastricht-team flink op de proef gesteld. Rechercheur Wolfs (Victor Reinier) dreigt na het neerschieten van Luca, niet alleen zijn baan en partner te verliezen als hij op non-actief wordt gesteld, maar ziet ook nog eens zijn dochter Fleur aan de drugs ten onder gaan. Uiteindelijk belandt hij zelfs in de gevangenis, op beschuldiging van moord en verkrachting. Eva wil geloven in zijn onschuld, maar de bewijzen tegen hem stapelen zich op. Wat weten ze nu eigenlijk van Wolfs? Heeft Wolfs misschien toch iets te verbergen?
Bekende namen maken in het vierde seizoen hun opwachting. Vioolvirtuoos André Rieu krijgt te maken met een dreigende aanslag tijdens zijn Vrijthofconcerten. Daarnaast spelen onder anderen Yolanthe Cabau van Kasbergen en Gijs Scholten van Aschat een gastrol. Piet Römer en Victor Reinier worden, na jaren samengewerkt te hebben bij 'Baantjer', herenigd op de set van Flikken Maastricht, echter dit keer niet bepaald als collega's. En Thomas Acda komt als Amsterdammer Daan de Vos het Flikken Maastricht-team versterken.
Moord en doodslag, chantagepraktijken, verdwijningen en drugszaken maar ook de persoonlijke levens van Eva, Wolfs, Marion en Romeo staan centraal. En de serie verwelkomt twee 'nieuwe' gezichten.
Allereerst keert hoofdinspecteur Flamand terug op haar (vertrouwde) plek in Maastricht en een nieuwe collega komt het 'blauwe' team versterken: Esmee van Rooy (een rol van Jamie Grant).
In het zevende seizoen van Flikken Maastricht raken Wolfs en Eva betrokken bij een onderzoek naar een motorbende die het op het toerclubje waarmee Wolfs motorrijdt voorzien heeft. De rechercheurs ontdekken al snel dat sommige leden van de motorbende zich niet alleen met toertochten bezighouden. Maar niemand is erg genegen om verklaringen over de criminele activiteiten van de club af te leggen. Tot Tonja, een oud- collega van Eva's wijlen partner Frank, bereid is met Eva te praten. Tonja's vriend blijkt namelijk door de motorclub gechanteerd te worden.
Als Eva dit meldt aan haar meerderen, willen deze Tonja als informant gebruiken om zicht te krijgen op de activiteiten van de motorclub. Tonja zegt haar medewerking toe op voorwaarde dat Eva haar vaste contactpersoon wordt. Eva heeft geen zin om een vriendin dit gevaarlijke traject in te sturen, maar hoofdinspecteur Mechels zet haar onder druk. Het lijkt de enige manier om de motorclub te pakken.
Daarnaast hebben Eva en Wolfs nog te maken met Daan de Vos, die inmiddels op vrije voeten is maar niet van plan is om het verleden te vergeten. Op subtiele wijze bedreigt hij Eva en Wolfs en ook Wolfs dochter Fleur is niet veilig voor zijn wraakzucht. Als dan ook nog duidelijk wordt dat Daan de Vos connecties met de motorclub heeft, leidt het onderzoek naar een spannende climax die Eva en Wolfs niet ongeschonden uitkomen.
