The Boys speelt zich af in een universum waar superkrachtige individuen door het grote publiek als helden worden erkend en werken voor het machtige bedrijf Vought International, dat hen op de markt brengt en er geld mee verdient. Buiten hun heroïsche persona's zijn de meesten arrogant en corrupt. De serie richt zich voornamelijk op twee groepen: de Seven, het belangrijkste superheldenteam van Vought, en de gelijknamige Boys, burgerwachten die Vought en zijn corrupte superhelden willen verslaan.
De Boys worden geleid door de gewelddadige en wraakzuchtige Billy Butcher, die alle superkrachten veracht, en de Seven worden geleid door de narcistische en gewelddadige Homelander. Aan het begin van de serie krijgen de Boys gezelschap van Hughie Campbell nadat een lid van de Seven per ongeluk zijn vriendin heeft vermoord, terwijl de Seven wordt vergezeld door Annie January, een jonge en hoopvolle heldin die gedwongen wordt de waarheid onder ogen te zien over degenen die ze bewondert. Andere leden van de Seven zijn de gedesillusioneerde Queen Maeve, de drugsverslaafde A-Train, de onzekere The Deep, de mysterieuze Black Noir en de blanke supremacist Stormfront. De jongens worden afgerond door tactisch planner Mother's Milk, wapenspecialist Frenchie en superkrachtige proefpersoon Kimiko. Vought-executive Madelyn Stillwell houdt toezicht op de Seven, die later wordt opgevolgd door publicist Ashley Barrett.
