Jigsaw (Tobin Bell), de psychopaat achter de wrede en levensbedreigende spelletjes is wederom ontsnapt aan de politie. Echter, het gaat niet goed met Jigsaw maar hij wordt nu bijgestaan door zijn nieuwe protegé Amanda (Shawnee Smith). Eerst vangt Jigsaw politierechercheur Eric Matthews (Donnie Wahlberg) die hem op het spoor was en zet Eric vast in één van de sadistische dodelijke vallen. Jigsaw's spelletjes worden steeds intenser en gruwelijker en de politie twijfelt of hij de touwtjes nog wel zelf in handen heeft. Ook de "vriendin" en ex-politie partner Kerry (Dina Meyer) van Eric wordt ontvoerd en komt in een dodelijke val terecht. Alhoewel het resultaat bevredigend is, krijgen Jigsaw en Amanda hier toch ruzie over. Jigsaw vindt namelijk dat de proefpersonen niet genoeg kansen krijgen...
Naarmate Jigsaw's ziektebeeld verslechtert, weet Jigsaw nog steeds mensen op de proef te stellen door te testen hoe ver zij gaan om te overleven. Jigsaw ontvoert daarom de 30-jarige dokter Lynn Denlon (Bahar Soomekh), een getrouwde moeder, die ook een paar donkere geheimen voor haar familie verborgen heeft gehouden. Hij zet Lynn vast in een ruimte samen met alleen hem en Amanda. De opdracht is Jigsaw, die een hersentumor heeft en niet lang meer te leven heeft, zolang mogelijk in leven te houden. Lynn is ondertussen wel onderdeel van een val van Jigsaw. Lynn heeft namelijk een machine om haar nek, die verbonden is met het hart van Jigsaw. Gebeurt er dus iets met Jigsaw of raakt Lynn te ver van Jigsaw vandaan, dan zal zij op gruwelijke wijze de dood vinden. Jigsaw heeft namelijk nog een spelletje te spelen met een ene Jeff Reinhart (Angus Macfadyen), een vader die nooit volledig hersteld is nadat zijn zoon stierf bij een ongeval. Tijdens dit spelletje van Jigsaw moeten zijn slachtoffers niet alleen vechten voor hun leven, maar ook Amanda is zich er niet van bewust dat zij, dokter Lynn en Jeff de laatste pionnen van Jigsaw's protegé zijn....

2006