Bij het begin van de 21ste eeuw is de Amerikaanse multinational Umbrella Corporation uitgegroeid tot de absolute marktleider op het vlak van grensverleggende computertechnologie en het ontwikkelen van nieuwe geneesmiddelen. De politieke en economische invloed van het bedrijf op de samenleving is enorm. Slechts weinigen weten echter dat de onderneming zich voornamelijk bezighoudt met het onderzoek naar nieuwe biologische wapens en de genetische manipulatie van cellen. Wanneer er een dodelijk virus uitbreekt in 'The Hive', het geheime ondergrondse laboratorium van het bedrijf, stuurt de overheid een groepje elitesoldaten ter plaatse om te voorkomen dat de situatie uit de hand loopt.
'Resident Evil: Welcome to Raccoon City' volgt de gebeurtenissen tijdens een nacht in 1998. Tijdens deze nacht breekt er een dodelijk virus uit die mensen verandert in zombies, en al snel raakt de stad Raccoon City overspoelt. Een groep overlevenden probeert vervolgens te achterhalen hoe het virus tot stand is gekomen.
De mensheid is op zijn einde in Washington D.C., Amerika. Alice is de enige overlevende na de allerlaatste strijd van de mensen tegen de zombies. Ze moet terugkeren naar Raccoon City, de plek waar de nachtmerrie begon. Hier maakt de Umbrella-organisatie zich klaar voor de doodsteek aan de laatste nog levende mensen. Maar Alice krijgt een onverwachte medestander tijdens haar ultieme poging het kwaad te stoppen.
Het dodelijke T-Virus van de Umbrella Corporatie blijft de aarde teisteren en transformeert de wereldbevolking in vleesetende zombies. De laatste hoop voor het menselijk ras is Alice (Milla Jovovich). Zonder veilige plek blijft Alice jagen op de verantwoordelijke van de uitbraak, wat haar in Tokio, New York, Washington en Moskou brengt. Samen met een groep geallieerde en vertrouwde vrienden moet ze zich een weg uit de vijandelijke wereld zien te vechten.
