De Beeldenstorm In Nederland viel de opkomst van de Reformatie samen met een opstand tegen het gezag van koning Filips II van Spanje, hoewel de religieuze motivaties van de opstand door veel historici worden betwist. Ze wijzen erop dat ook veel katholieken zich tegen het gezag verzet hebben en dat, evenals in Duitsland, politieke en sociale oorzaken mede het karakter van de opstand bepaald hebben. Ook de opkomst van een middenklasse wordt in verband gebracht met de Beeldenstorm. Die zou een symbolische daad zijn geweest van een opkomende groep die in het protestantisme een grond vonden om zich tegen het heersende gezag te verzetten. In elk geval richtte een deel van het geweld zich tegen de katholieke kerken en kloosters. Op 10 augustus 1566 leidde een hagenpreek bij Steenvoorde, ten zuiden van de huidige Belgisch-Franse grens, tot de plundering van een nabijgelegen klooster. Daarna volgden vernielingen van andere kloosters.

De Beeldenstorm verspreidde zich vervolgens over de Nederlanden. Altaren, beelden, doopvonten, reliekhouders, koorgestoelten, kansels, orgels, miskelken, schilderijen, missalenen gewaden moesten het ontgelden. Hosties werden vertrapt of aan de vogels gevoerd, miswijn werd opgedronken. Priesters werden onder geweld gedwongen hun geloof af te zweren. Zij die trouw wilden blijven aan Rome werden in sommige gevallen verjaagd en vervolgd. Zo werden in Den Briel 19 katholieke geestelijken die later bekend zouden worden als de heilige martelaren van Gorcum met vleeshaken gemarteld en opgehangen door de watergeuzen onder Willem van Lumey en Diederik Sonoy, nadat zij geweigerd hadden hun geloof in de transsubstantiatie en de paus op te geven. Ook de Nederlandse priester, mecenas en humanist Cornelis Musius (1500-1572), de laatste rector van het Agathaklooster in Delft, werd in opdracht van Lumey vermoord. Ook in Alkmaar werd een groep katholieke geestelijken die, na de verovering van Alkmaar door Diederik Sonoy in 1572, naar Enkhuizen waren overgebracht, door de geuzen gemarteld en opgehangen. Ook op andere plaatsen zou de opstand slachtoffers maken onder de geestelijkheid en gewone katholieken. De Beeldenstorm was in zekere zin een Noord-Europees verschijnsel. Ook in Duitsland, Denemarken en Zwitserland werden vele kerken geplunderd.

De uitgebroken Nederlandse opstand zou grote gevolgen hebben voor het katholicisme in de noordelijke Nederlanden (moderne historici vermijden de term oorlog, omdat de Nederlanders in opstand kwamen tegen een juridisch legitiem gezag). In de nieuwe Republiek was bisschoppelijk bestuur op den duur niet meer mogelijk. Frederik Schenck van Toutenburg (1503-1580) werd de voorlopig laatste aartsbisschop van Utrecht. In 1592 verklaarde Rome de Utrechtse kerkprovincie tot missiegebied, de zogenaamde Hollandse Zending, die onder leiding kwam te staan van een apostolisch vicaris. Sasbout Vosmeer (1548-1614) bekleedde als eerste die functie. Katholieken werden, na aanvankelijke vervolgingen, uiteindelijk wel getolereerd, vooral in de grotere steden, zolang men maar niet openlijk met katholicisme te koop liep. In veel steden kwamen katholieken samen voor de mis in zogenaamde schuilkerken die aan de buitenkant niet herkenbaar mochten zijn als kerk. Ook processies werden verboden. Pas in 1853 kon, dankzij Grondwetsherziening van 1848 van Thorbecke, worden besloten tot het herstel van de bisschoppelijke hiërarchie in Nederland met de pauselijke bul Ex Qua Die van paus Pius IX (4 maart 1853
)