Volgens de mythologie is Naxos het eiland van Bacchus en Ariadne.

Het eiland werd bewoond door Bacchus, de god van de wijn, in de tijd dat Theseus het eiland aandeed op zijn terugreis van het eiland Kreta.

Op Kreta had Ariadne, de dochter van koning Minos, Theseus geholpen om de Minotaurus te doden en natuurlijk nam Theseus haar met zich mee.

Hij liet haar echter achter op Naxos en daar ontfermde de God van de wijn, Bacchus, zich over de bedrogen koningsdochter en nam haar tot zijn vrouw.

Naxos was al bewoond voor het eind van de Protocycladische Tijd, dat wil zeggen al voor 2.000 v.Chr. en het heeft een gewichtige rol gespeeld in de ontwikkeling van de Cycladische cultuur.

De bloeiperiode van het eiland valt in de 7de en 6de eeuw v.Chr.

Naxos was in die tijd oppermachtig binnen de Cydaden en zowel handel als kunst (in het bijzonder de beeldhouwkunst) namen er een hoge vlucht.

Bewijzen van de Naxische beeldhouwkunst zijn er over heel Griekenland te vinden;

we volstaan hier met het noemen van de marmeren sfinx in Delfi, een geschenk van Naxos, en de beroemde Leeuwen, het Huis en de Stoa van Naxos op Delos.

In 490 v.Chr. werd Naxos verwoest door het overmachtige leger der Perzen, die toen hun veldtocht tegen de Grieken waren begonnen.

In 479 v.Chr. nam Naxos deel aan de slag bij Plataeae waar de Perzen door de gezamenlijke Griekse steden werden verslagen.

Hierna oefende vele jaren de stadstaat Athene er de heerschappij uit. In 338 v.Chr. werd het door de Macedoniërs ingenomen en later (in 166 v.Chr.) door de Romeinen.

Hierna volgden de lange jaren van het Byzantijnse Keizerrijk, een periode waarin vele kerken op het eiland werden gebouwd.

Er zijn enkele zeer waardevolle onder en sommige van die kerken behoren tot de oudste die in het hele Balkangebied bewaard zijn gebleven.