In 1969 was Tohei de hoofdinstructeur bij de Hombu Dojo in Tokio, en de enige officiële tiende dan, een rang die volledige beheersing van de kunst aangeeft. De zoon en erfgenaam van Ueshiba, Kisshomaru, keurden de niet-standaard leerstellingen van Tohei niet goed en begonnen hem onder druk te zetten om te stoppen met het onderwijzen.
In Japan zijn geen sterke horizontale banden binnen de Aikikai-organisatie; de sterke banden die een organisatie bij elkaar houden zijn allemaal verticale, oudere tot junior, banden. Toen Ueshiba stierf, was het onvermijdelijk dat er een soort splitsing was tussen de directe ondergeschikten van de Ueshiba. Alle topinstructeurs van de Hombu Dojo hadden hun banden rechtstreeks met de senior Ueshiba, en alleen Tohei onderwees iets heel anders dan de anderen.
Daarom, toen deze strijd begon, had Tohei weinig aanhangers binnen de Aikikai; zijn loyale studenten zaten meestal in de klassen buiten de Aikikai. Aan de andere kant onderwees Kisshomaru Aikido net zoals zijn vader het had geleerd, hij was een van de oudste instructeurs in Aikido en hij had de invloed van de Japanse traditie van patrilineaire erfenis. Binnen een paar jaar werd Tohei functioneel verbannen door de Aikikai, waarbij Aikido in de Verenigde Staten volledig beïnvloed werd door Tohei Sensei.
Tohei vormde zijn eigen Aikido-organisatie in 1974. Hij noemde zijn stijl van Aikido Shin Shin Toitsu Aikido, "Aikido met lichaam en geest integratie", en zijn organisatie wordt in het Engels The Ki Society genoemd, waarbij de meer vechtgerichte stijl van Aikido naar een zachtere, minder martiale stijl en meer spirituele stijl was verschoven. Toen hij deze organisatie oprichtte, vroeg hij alle dojo's die hij in de Verenigde Staten was begonnen om ook met de Aikikai te splitsen. Velen van hen deden dat. Dit was het echte begin van het versplinteren van Aikido. Kobayashi, een in Hawaï geboren Japans-Amerikaanse, splitste later met Tohei's Ki Society en vormde Seidokan Aikido, met goedkeuring en erkenning van Kisshomaru.
Er zijn ook tal van niet-gelieerde, onafhankelijke dojo's. Deze dojo's worden over het algemeen gerund door zwarte banden die zich niet willen inlaten met de politiek in  bestaande organisaties. Er zijn talloze splitsingen geweest binnen de wereld Aikido-gemeenschap, en sommige van deze splitsingen zijn behoorlijk guur. Vooral in Japan is er een houding, waar lidmaatschap van één stijl het onmogelijk kan maken om te oefenen in dojo's met een andere, maar gerelateerde stijl.