In december 1903 werd Ueshiba, ondanks zijn gestalte van 1m54, opgeroepen voor militaire dienst. Hij slaagde niet voor het eerste fysieke onderzoek (men moest minstens 1m57 zijn). Om dit te overwinnen, strekte hij zijn ruggengraat door zware gewichten aan zijn benen te bevestigen en zich aan boomtakken te hangen. Hij werd toegewezen aan het 61ste regiment van Wakayama (Tanabe) van het Japanse Keizerrijk, onderdeel van de Osaka 4de Divisie (37th Regiment).
In februari 1904 brak de Russisch-Japanse oorlog uit om o.a. de controle van Mantsjoerije (in het noordoosten van China en het zuidoosten van Rusland) te krijgen. Morihei was in de winter 1904 tot en met het voorjaar 1905 gelegerd aan het front in Mantsjoerije, en werd gepromoveerd tot korporaal van het 61st Wakayama-regiment.
Japanse troepen leverde, onder leiding van Marshal Iwao Oyama, een beslissende slag tussen 20 februari en 10 maart 1905, waarbij 270.000 Japanse soldaten over een front van 155 km de uiteindelijke overwinning behaalden. Op 5 september 1905 wordt het vredesverdrag van Portsmouth getekend en wordt Morihei in 1907 ontslagen uit het leger. Hij keert terug naar zijn geboorteplaats Tanabe. Morihei behaalde de rang van sergeant voor zijn vaardigheden in de strijd. Het waarom blijft controversieel: sommige bronnen spreken van militaire heldendaden van Morihei Ueshiba; officiële biografieën beweren echter dat er geen zekerheid is dat de stichter van Aikido zelfs ooit rechtstreeks heeft deelgenomen aan wapenfeiten en dat zijn beloning vanwege zijn discipline en toewijding was in zijn eenheid. Zo wordt in die periode wel regelmatig gesproken over zijn vaardigheden met wapens, in het bijzonder in Juken-Jutsu. In 1907, na zijn terugkeer uit de oorlog, kreeg hij ook een certificaat van verlichting (shingon inkyo) van zijn jeugdleraar Mitsujo Fujimoto. Naar verluidt was Ueshiba depressief terwijl hij in Tanabe woonde, vaak zijn zwaard meenemend en in de bergen verdween om te vasten en te trainen. Hij voerde ook dagelijks mizugori uit. Mizugori is een traditionele ascetische praktijk in Japan, waarbij emmers koud water over iemands hoofd en lichaam worden gegoten om zichzelf te zuiveren en dichter bij de kami te komen. Morihei studeerde verder judo bij Kiyoichi Takagi in Tanabe in 1910, nadat zijn vader een dojo had laten bouwen op het familieterrein om de training van zijn zoon aan te moedigen.
Tussen 1906 en 1910 is zijn leven slecht gedocumenteerd. Morihei Ueshiba zet zijn gezinsleven in zijn geboorteplaats Tanabe verder en zoekt naar zijn houding t.o.v. het autoritair regime van de toenmalige regering van de prefectuur Wakayama. Hier raakte hij bevriend met de schrijver en filosoof Minakata Kumagusu en raakte betrokken bij de oppositie van Minakata tegen het heiligdomconsolidatie beleid van de Meiji-regering.
Verschillende impulsieve protesten leiden tot zijn arrestatie in 1910. Morihei wordt "begeleid" door de overheid door hem verantwoordelijkheid te geven over de platte landsontwikkeling van verschillende nederzettingen te Hokkaido, helemaal in het noorden van Japan onder barre klimaatomstandigheden (ook omdat zijn moeder, van Japanse adel, niet zou geassocieerd worden met demonstranten tegen het bewind).
In 1910 reisde Ueshiba naar Hokkaido in het gezelschap van zijn kennis Denzaburo Kurahashi, die eerder op het noordelijke eiland had gewoond. Zijn bedoeling was om een geschikte locatie voor een nieuwe nederzetting te verkennen, en hij vond die te Shirataki. Ondanks de ontberingen die hij tijdens deze reis leed (waaronder meerdere keren verdwalen in sneeuwstormen en een incident waarbij hij bijna in een ijskoude rivier verdronk), keerde Ueshiba terug naar Tanabe vol enthousiasme voor het project en begon gezinnen te werven om zich bij hem te voegen (29 maart 1912). Hij werd de leider van de Kishū Settlement Groep, een collectief van vijfentachtig pioniers die zich in het Shirataki-district wilden vestigen en als boeren wilden leven; de groep stichtte het dorp Yubetsu (later Shirataki dorp) in augustus 1912. Veel van de financiering voor dit project kwam van zijn vader. Slechte bodemgesteldheid en slecht weer leidden tot mislukte oogsten tijdens de eerste drie jaar van het project, maar de groep bleef doorzetten.
Aanvankelijk had Ueshiba weinig gelegenheid om vechtsporten te beoefenen in Hokkaido, maar hij was geobsedeerd door fysieke kracht, kapte zelf bomen en ontwortelde de stompen met zijn blote handen en hielp touwtrekken met behulp van trekpaarden. Hij bleef ook alleen mediteren in de bergen en stopte niet met zijn praktijk van het dagelijks uitvoeren van mizugori, wat in het noorden van Hokkaido in de winter extreme vormen aannam.
Morihei en zijn vrouw en tevens jeugdvriendin Hatsu Itokawa, kregen hun eerste kind, een dochter genaamd Matsuko, in 1911 op haar dertigste.