Het G.I. Joe team moet het opnemen tegen Zartan, Storm Shadow en Firefly. Zartan is vermomd als president van de Verenigde Staten en heeft nu alle wereldleiders in zijn broekzak, met als gevolg een naderende wereldoorlog waar vele onschuldigen het slachtoffer van gaan worden. Tevens beschikt hij over een aantal nieuwe handlangers die het G.I. Joe team moeten uitschakelen.