De film begint met de jonge hond Scooby-Doo, een enorme Deense Dog, die een hechte vriendschap sluit met een jongeman genaamd Shaggy. Later vormen Scooby en Shaggy, samen met hun andere menselijke vrienden, Daphne, Velma en Fred, het onderzoeksteam 'Mystery Incorporated'. Samen proberen ze allerleid mysteries op te ontrafelen. Deze mysteries brengen Scooby en Mystery Inc. naar allerlei verschillende landen en waarbij verschillende figuren, zowel goed als kwaad, hun pad kruisen.