1. Ontmoeting: In een geheime grot ontdekken Rad, Carlos en Alexis een mysterieus ruimteschip, dat ze per ongeluk activeren. Hierdoor laait de Tranformers strijd weer op. 

2. Metamorphose: Onder leiding van Optimus Prime gaan de Autobots op zoek naar de Mini-Cons. Ze worden hierbij op de hielen gezeten door de Decepticons, die ook op zoek zijn naar deze nieuwe robots. 

3. Basis: Nadat de geheime kracht van de Mini-Cons is ontdekt, wordt de strijd nog heviger. Een strijd waarbij de toekomst van het heelal op het spel staat. De drie kinderen en de Autobots bundelen hun krachten, zodat ze de Decepticons kunnen verslaan.