Remy, een rat, droomt ervan om een grote Franse topkok te worden ondanks het feit dat zijn familie dit niet graag ziet gebeuren en men in de kookwereld niet echt verzot is op ratten. Op een dag raakt Remy gescheiden van zijn familie en belandt in het riool van Parijs. Zo komt hij terecht onder het restaurant van zijn idool, de kok Auguste Gusteau. Auguste blijkt echter te zijn overleden, maar in Remy's fantasie verschijnt zijn geest geregeld om hem bij te staan.

Op hetzelfde moment arriveert een jonge man genaamd Linguini in het restaurant met een brief geschreven door zijn overleden moeder, de vriendin van Gusteau. Daarom ziet de nieuwe restauranteigenaar Skinner zich genoodzaakt Linguini in te huren. Linguini blijkt echter totaal geen talent te hebben voor koken. Remy ziet hoe Linguini wanhopig probeert soep te koken, en grijpt in. Dankzij hem slaagt de soep en kan Linguini zijn baan behouden. Skinner laat hem trainen door Collette (de enige vrouwelijke kok van het restaurant). Ze is aanvankelijk erg kattig, maar blijkt een oogje op hem te hebben en wordt uiteindelijk zijn vriendin.

Dit is het begin van een samenwerking tussen de twee. Remy ontdekt dat hij Linguini's bewegingen kan sturen door aan zijn haren te trekken, net als aan een marionet. Dit stelt hem in staat om, via Linguini, eindelijk de kok te worden die hij altijd al had willen zijn. Linguini wordt door Remy's hulp al snel de sterkok van het restaurant, dat door zijn kookkunsten meer klanten trekt dan ooit. Skinner lijkt hier echter niet tevreden mee te zijn, vooral omdat hij Linguini als een idioot ziet. Hij vermoedt dat Linguini geholpen wordt door een rat, maar kan niets bewijzen. Inmiddels ontdekt Remy dat zijn familie ook in Parijs is, en geeft zijn broer wat te eten dat hij uit de voorraad steelt. Dit leidt ertoe dat meer en meer ratten bij Remy om eten beginnen te bedelen.

2007