De film speelt zich af op de tijdsspanne van de laatste avond dat de volwassen aan het worden Wendy Darling (Kathryn Beaumont) nog bij haar broertjes Peter en Michael mag blijven slapen. Haar ouders vinden dat ze de jongens verwart met haar idiote verhaaltjes-voor-het-slapengaan over Peter Pan, en ze zijn nog niet de deur uit voor een avondje vertier, wanneer Peter (Bobby Driscoll) himself plots in het raam staat, klaar om de kinderen mee te nemen naar Neverland, het land waar de Lost Boys wonen, kinderen die nooit meer willen/mogen/kunnen opgroeien. De fee Tinkerbell is echter jaloers op de aandacht die Wendy van Peter krijgt, en ze laat zich in de val lokken om in een onbewaakt moment Peters geheime schuilplaats te verklappen aan Captain Hook (Hans Conried), een piraat die nog een appeltje te schillen heeft met Peter (alhoewel dat niet makkelijk moet zijn met maar één hand), omdat Peter zijn hand ooit heeft afgehakt en aan een krokodil gevoerd. De krokodil in kwestie heeft de hand bovendien altijd beschouwd als voorgerecht, en is nog altijd uit op de hoofdschotel.
