De serie gaat over bewoners van de planeet Thundera die op zoek gaan naar een ander thuis nadat hun planeet onbewoonbaar werd.
Onderweg worden ze aangevallen door een stel mutanten en hun ruimteschip wordt onherstelbaar beschadigd. Jaga, de oudste ThunderCat, die het ruimteschip bestuurt, offert zichzelf op om er zeker van te zijn dat het schip aankomt op de bestemming, Third Earth. De andere Thundercats, die zich van geen kwaad bewust zijn, liggen vredig te slapen in speciale tijdcapsules.
Eens aangekomen op de nieuwe planeet, Third Earth genaamd, merken ze een merkwaardige verandering op. Lion-O, die dezelfde leeftijd had als de Thunderkittens WillyKit en WillyKat, heeft in zijn tijdscapsule een warpveroudering gehad. Hij heeft zijn tienerjaren overgeslagen en is opeens volwassen! Hij neemt de leiding, zoals voorbestemd, bijgestaan door de Geest van Jaga, die waakt over de Thundercats. Lion-O wordt gesterkt door zijn machtige wapen: het Zwaard van Omen, met het Magische Oog van Thundera erin.
Na aankomst op de nieuwe planeet bouwen de Thundercats hun hoofdkwartier, Cat's Lair, waar ze strijd leveren voor het goede. De mutanten sluiten een verbond met, Mumm-Ra, de eeuwig levende Egyptische mummie. Beiden willen het Magische Oog van Thundera veroveren. Lion-O en de andere ThunderCats trachten de vrede op Third Earth te herstellen.
Deze box bevat de volgende 65 afleveringen:
1. Exodus.
2. The unholy alliance.
3. Berbils.
4. The slaves of Castle Plun-Darr.
5. Pumm-Ra.
6. The terror of Hammerhand.
7. Trouble with time.
8. The tower of traps.
9. The garden of delights.
10. Mandora, the evil chaser.
11. The ghost warrior.
12. The doomgaze.
13. Lord of the Snows.
14. The spaceship beneath the sands.
15. The time capsule.
16. The fireballs of Plun-Darr.
17. All that glitters.
18. Spitting image.
19. Mongor.
20. Return to Thundera.
21. Dr. Dometone.
22. The astral prison.
23. The crystal queen.
24. Safari Joe.
25. Snarf takes up the challange.
26. Sixth sense.
27. The Thunder-Cutter.
28. The Wolfrat.
29 & 30. Feliner.
31. Mandora and the pirates.
32. Return of the driller.
33. Dimension doom.
34. Queen of eight legs.
35. Sword in a hole.
36. The evil harp of CharrNin.
37. Lion-O's anointment first day, trial of strength.
38. The Demolisher.
39. Monkian's bargain.
40. Tight squeeze.
41. The Micrits.
42. Lion-O's anointment second day, trial of speed.
43. The rock giant.
44. Jackalman's rebellion.
45. Turnmager the Tuska.
46. Lion-O's anointment third day, trial of cunning.
47. The Mumm-Ra Berbil.
48. Mechanical plague.
49. Trapped.
50. Lion-O's anointment fourth day, trial of mind power.
