De film begint in het 2003-universum. Een gevecht tussen de Paarse Draak-straatbende en de Turtles wordt vastgelegd op film, maar wanneer deze later op tv wordt uitgezonden beweren alle vier de turtles (die uit het 2003-universum) niks af te weten van deze vechtpartij. Ze breken in bij het hoofdkwartier van de Paarse Draken om deze 'dubbelgangerturtles' te vinden, maar ontdekken dat de dubbelgangers wel degelijk echte Turtles zijn; namelijk alternatieve versies van hen uit het 1987-universum. De andere Turtles beweren in het 2003-universum te zijn beland door toedoen van hun aartsvijanden; Shredder en Krang. Ook hun mobiele fort, de Technodrome, is in het 2003-universum beland. Wanneer Shredder de acht turtles samen ziet, beseft hij dat er mogelijk ook alternatieve versies van hemzelf bestaat. Hij besluit de Shredder uit het 2003-universum, de Utrom Ch'rell, op te sporen in de hoop dat hij zijn bondgenoot kan worden. Utrom Ch'rell wil alle Turtles in alle dimensies vernietigen...
