Het jonge ziekelijke konijntje Fiver (Richard Briers) heeft soms toevallen van helderziendheid, en zo heeft hij gezien hoe binnenkort de konijnenweide waar zijn nest op leeft, spoedig in een bloedbad zal worden herschapen. De leider van zijn stam (Ralph Richardson) wil hem niet geloven, maar hij kan toch een paar tientallen overtuigen om de weide te verlaten, en naar de veilige plek te trekken die hij in zijn visioenen gezien heeft. Onder de vertrekkers bevinden zich Fivers oudere broer Hazel (John Hurt) en een voormalige kapitein van de konijnenwacht, Bigwig (Michael Graham Cox). Op hun tocht krijgen ze onder meer af te rekenen met roofvogels, vossen en uiteraard ook de mens. Onderweg worden ze bijgehaald door kapitein Holly (John Bennett), die zwaar gewond is en bevestigt dat Fivers voorspelling is uitgekomen: de oude konijnenweide is door een bouwpromotor compleet omgewoeld, en de konijnen zijn massaal afgeslacht. Enkele overlevers hebben bovendien een hardhandige ontmoeting achter de rug met de Efrafa, een vijandige konijnenstam geleid door een meedogenloze vetzak, Generaal Woundwort (Harry Andrews), een tiran die de konijnen onder zijn hoede als slaven behandelt en onvoorwaardelijke gehoorzaamheid eist. Eens de konijnen op Waterschapsheuvel zijn aangekomen, stelt zich voor hen een nieuw probleem: alle overlevers zijn mannetjes, en dus op termijn gedoemd om uit te sterven. Hun enige keuze is proberen enkele van de gevangen wijfjes van de Efrafa naar hun weide te lokken. Bigwig stelt zich vrijwilliger om in de Efrafa te infiltreren, om te bepalen wanneer het gunstigste moment is om te vluchten. Hij ontmoet er de moer Hyzenthlay (Hannah Gordon), die een vlucht uit de Efrafa wel ziet zitten. Zijn plan lekt voortijdig uit, en de Generaal ordonneert zijn troepen om een aanval op Waterschapsheuvel in te zetten. Hij wil de rest sparen als Bigwig en de vluchtelingen zich overgeven. De konijnen hebben intussen al samen zoveel beproevingen doorstaan, dat ze besluiten ook deze laatste beproeving het hoofd bieden.
