Het is alweer enkele jaren geleden dat de vier ninja schildpadden hun aartsvijand Shredder het hoekje om hielpen. De broers zijn uit elkaar gegroeid, ondanks dat Splinter alle moeite doet om hen bij elkaar te houden. Wanneer ze oog in oog te staan met een leger van prehistorische creaturen en oude vijanden zijn onze vrienden opnieuw op elkaar aangewezen... Cowabunga dudes! Wanneer New York City wordt bedreigd, is de hulp van de Turtles meer dan welkom. Maar Raphael, Donatello en Michelangelo weten niet meer wat zij moeten doen. Het is nu aan Leonardo en zen-meester Splinter om hen weer op het juiste pad te krijgen en de Ninja Turtles in ere te herstellen.
