Er zijn twee jaren voorbij en de ruïnes van Midgar getuigen van de offers die werden gebracht om de vrede te brengen. Maar de wereld zal weldra oog in oog komen te staan met een nieuwe bedreiging. De mysterieuze Kadaj (Shotaro Morikubo) en zijn bende zijn namelijk op zoek naar ‘Moeder’, met plannen die de hele wereldbevolking bedreigen. Ondertussen grijpt een mysterieuze ziekte, Geostigma, om zich heen. Oude vijanden roeren zich en Cloud (Takahiro Sakurai), die het leven van een held juist achter zich liet om in eenzaamheid te leven, ziet zich genoodzaakt om wederom zijn zwaard op te pakken. Gelukkig staat hij er niet alleen voor, want hij kan rekenen op steun van al zijn oude vrienden.
