Het is het jaar 2005. De Decepticons hebben Cybertron herovert van Optimus Prime en zijn Autobots. De twee gezworen vijanden zijn echter nog niet klaar met elkaar. Ze proberen een manier te vinden om de andere partij te verslaan. Ondertussen nadert een ander onheil. De allesverslindende, reusachtige planeet-eter Unicron stevent recht op Cybertron af ! Het donkerste uur in het leven van de Transformers heeft geslagen...