Hier nog eventjes met een update over het werk en met een foto van mijn Ucard :D
Gisteren wat aan plasmiden geprutst en in gist gebracht, morgen resultaten analyseren (nu al eventjes gepiept op de platen en de eerste indicaties zijn positief!!!).
Vandaag moeten wachten op pcr-primers, maar ik heb ondertussen een beetje leren werken met GENtle, een programma om plasmiden te bekijken en veranderen enzo.
Vervolgens PCR uitgevoerd met de producten een gel gelopen ter controle (resultaten zien half en half), nu is een 2é PCR-run aan het lopen om te kijken als wij gemist waren of als er een probleem is bij het DNA-staal.
Hier een foto van mijn Ucard. Het hangt vast aan een hanger voor rond mijn nek en ertussen zit een soort koord dat je kan uittrekken zodat je aan de ingang niet moet prutsen maar het gewoon uittrekken en voor de kaartlezer houden. Ik kon ook een kiezen voor aan mijn broek, maar rond mijn nek leek handiger.
De man is mijn mentor (Colin Lazarus), de vrouw is de Thaise waarmee ik samenwerk (nikul). Hier is mijn mentor bezig met de 2é PCR in gang te zetten, zodat iemand anders hem in gang zette dan de eerste (uitvoering door andere persoon als controle op fouten gemaakt door personen).
Een van de plasmiden waarmee we werken. Dit is het plasmide dat we hopen gemaakt te hebben in de gist die nu aan het groeien is.
Het resultaat van de eerste PCR. De laan met alle bandjes is natuurlijk de ladder. Hier bestaat deze uit de standaard 100bp-ladder met daarbij lambda DNA die geknipt werd door HindIII. Het laantje ernaast is het tropAeGFP-gen (rood op de plasmide in foto hierboven). Dit gen is 720bp lang en werd met 60 verlengd door de primers en er is nog een klein stukje extra in de template die niet behoort tot het gen. De band ligt net onder de band vn 1kb. In het volgende laantje zit het tropB-gen maar deze zou ongeveer moeten 1,4kb zijn. Dit is duidelijk niet het geval, we hebben 2 bandjes, het tropC-gen zou moeten gemaakt zijn in het volgende laantje, maar daarvan is niets te zien. Deze zou moeten ongeveer 1kb lang zijn. De laatste id tropD, van ongeveer 1,5kb, dus dit is correct. De 2é PCR is ondertussen afgelopen, met ongeveer zelfde resultaat... morgen checken we de templates en de primers
Dag beste vriendjes en vriendinnetjes en andere coole mensn!
Mijn aankomst hier verliep redelijk vlot, hoewel het stadsverkeer echt nog raar is, en mijn vader heeft nog bijna nooit in Engeland gereden, dus soms was het wel wat moeilijk. Rond 3PM kwam ik me aanmelden aan de receptie van het gebouw waar ik werk. Mijn begeleider hier heeft me wat uitleg gegeven en getoond waar alles is. Vervolgens gingen we naar de administratie om een enterence pass te halen. Ik zat in het systeem en de computer herkende mijn inschrijving en dat ik 20/02/12 een pass moest krijgen, maar in het programma om die pass aan te maken was ik niet te vinden... Never had this before, no idea what it is, Ill send an e-mail to the IT department, come back tomorrow.
Ik ontmoette enkele mensen die hier werken, waaronder een jongedame uit Thailand, die hier een maand de biotechnologische technieken leert gebruiken. Ik zal de eerste maand vrij veel met haar samenwerken. Ik kreeg ook uitleg over hetgeen ik hier zal moeten doen. Vooreerst, om erin te graken, moet ik een onderzoek doen dat al lang gepland staat, maar waar niemand tot nu toe de tijd heeft voor gehad. De schimmelstam waarmee hier gewerkt wordt is zeer goed voor hun toepassingen, maar heeft een nadeel: deze produceert moeilijk en weinig sporen. Men heeft hier ooit deze schimmel genetisch aangepast zodat deze een stof produceerde dat ze nodig hadden, en toen merkte men dat de schimmel ook veel meer sporen maakte. Recentelijk is daarrond een artikel verschenen, waardoor het een ideaal moment is om daarop mijn onderzoek te richten.
Vervolgens ben ik iets gaan eten met mijn ouders. En zijn we richting mijn verblijfplaats gegaan. Het is een klein huis waar een vrouw met haar twee zoontjes leeft. Er is een vrij grote kamer voor mij en ik heb toegang tot alle gemeenschappelijke ruimtes (zoals badkamer, living, keuken). Internet connection verliep zeer vlot, maar toegang tot het electriciteitsnet was heel wat moeilijker. Ik had twee adapters mee om de stopcontacten om te schakelen naar europese vormen, maar mijn ouders hadden een mee naar hun hotel en de andere bleek niet te werken... Ik vroeg een toolbox om eens te kijken wat het probleem was, maar de enige tools in het ganse huis was een veel te grote platte schroevendraaier en vier kruisers van verschillende maten. Gelukkig had ik spatels in alle vormen en maten en gebruikte ik deze als kleine platte schroevendraaiers... Er was inderdaad een draadje losgekomen en na heel wat prutswerk had ik dan toch elektriciteit.
Hierna volgde een veel te korte nacht in een bed dat net niet lang genoeg is. Ik vertrok zeer vroeg met de fiets om de ruim 6km afstand tot mijn werk te overbruggen. Het ging zeer vlot, ondanks het drukke verkeer en het feit dat ik voor het eerst in Engeland fiets. Het raarste is dat fietsers ook gewoon op een rond punt rijden, zoals de autos en dat deze punten zodanig gemaakt worden dat je als fiets ook moet veranderen van rijstrook op een rond punt! Zeer gevaarlijk als je het mij vraagt... De tocht duurde net geen 20 min en was zeer lastig op het einde door een ongeloofelijk steile helling met in het begin drie verkeerslichten quasi direct na elkaar waardoor je telkens moet stoppen. Daarna is een rechte, steile helling met daarachter een bocht en een verradelijk steil stukje met verkeerslichten op het steilste moment.
Eerste werkdag: 8u51, plaatselijke tijd: aankomst op mijn werk En er is hier niemand te bespeuren. Gelukkig kreeg ik gisteren al de code om binnen te graken in the office. Hopelijk krijg ik vandaag een pass om binnen te graken in het gebouw zodat ik niet steeds langs de receptie moet passeren, en een sleutel zodat ik toegang heb tot het labo.
Mijn eigen labojas mag ik niet gebruiken omdat deze niet volledig gesloten is langs boven (GLP protocols I guess). Maar de grootste labojassen dat ze hier hebben zijn net te klein... Dus voorlopig toch mijn eigen jas. Ondertussen zijn hier al wat mensen toegekomen, alsook mijn begeleider, maar die vroeg om mij hier gewoon eventjes aan mijn persoonlijke bureau (ja ik heb mijn eigen deel in the office) te placeren... (letterlijk waren de woorden: just go there and play a bit) dus eventjes wachten... Tegen rond 11AM zijn alle security passes, internet passwords enz. in orde en kan ik beginnen aan mijn labowerk. Het eerste werk: een ganse berg doosjes met pipettips vullen en autoclaveren. Verder een kijknamiddag waarbij ik de gebruikte methodes van hier leer kennen. Ik heb al heel wat bijgeleerd, vooral inzake gels kleuren, wat hier 1000 keer beter werkt dan wat ik gewoon ben.
Verder kreeg ik uitleg over het project van het Thaise meisje en deden we wat voorbereidend werk om gist te kweken en genetische modificatie uit te voeren. Om 5PM stopte mijn begeleider om een straat verder te gaan badmintonnen, we werkten wat dingen af en bleven nog eventjes babbelen. Vervolgens: Lets call it a day, see you tomorrow!
Hier nog enkele fotokes ^^
Het eerste avondmaal
Mijn eigen werkbank in het labo
Mijn werktafel in gebruik bij de eerste job :p
De minder nette werktafel van mijn begeleider hier. He calls it messy.
Dit is het bureaudeel dat we gebruiken, er is nog een stuk aan de rechter kant, maar dit wordt niet door wetenschappers die bij ons werken gebruikt. De bureau in het midden met de laptopzak en de laptop voor de desktop is mijn bureau.
