Het woord ecologie (oorspronkelijk Duits: Ökologie) werd geïntroduceerd door de Duitse bioloog Ernst Haeckel in 1866, als samentrekking van de Griekse woorden oikos (οἶκος, huishouding of omgeving) en logos (λογία, studie, leer), letterlijk dus omgevingsleer. In de Angelsaksische wereld werd dit ecology, dat daar een iets andere, meer milieukundige en mens-gerichte, betekenis kreeg. In Nederland bestaan het meer biologische oecologie en meer milieukundige ecologie naast elkaar, maar het verschil vervaagt.

Ecologie als wetenschap is een onderdeel van biologie. De ecologie bestudeert de wisselwerking tussen organismen, populaties of levensgemeenschappen onderling (de biotische milieufactoren) en de relaties van deze biologische eenheden met het niet-biologische milieu (de abiotische milieufactoren). De studie op het niveau van de soort is autoecologie en op het niveau van de levensgemeenschap en ecosysteem gemeenschapsecologie of synecologie.