Wanneer een groep vrouwen wordt ontvoerd in het winterse landschap van Virginia, zijn de enige aanwijzingen de groteske menselijke overblijfselen die langs de snelweg worden gevonden. Met de beambten op zoek naar enige vordering in de zaak, zorgen de twijfelachtige visioenen van een in ongenade gevallen priester ervoor dat de politie op de verkeerde plekken gaat zoeken. Tevens leidt het hen naar een bizar, en geheim, medisch experiment dat misschien met de verdwijning van de vrouwen te maken kan hebben. Dit is echt een zaak voor de X-Files. Maar de FBI heeft die afdeling voor onderzoek naar paranormale zaken jaren geleden gesloten. Voormalige agenten Fox Mulder en Dana Scully worden, tegen hun zin, gevraagd om te helpen in deze zaak.
Het buitenaardse knaagt nog steeds aan Mulder, maar hij heeft rust gevonden in zijn leven. Scully zet zich volledig in bij nieuwe projecten in het ziekenhuis, totdat er iemand langs komt die haar en Mulder's hulp hard nodig heeft. Vormen de twee weer het perfecte duo om de buitenaardse wezens op aarde op te sporen?
