Voor microscopisch onderzoek van de mest en onderzoek op bacteriën wordt de mest uitgestreken op een draagglaasje, gedroogd en behandeld met verschillende kleurstoffen. Op die manier worden de bacteriën veel beter zichtbaar, verschillende soorten bacteriën zullen ook op een andere manier kleurstoffen opnemen, zodat er een onderscheid kan gemaakt worden tussen de verschillende microben.

Hier werd een geval onderzocht van dwergpapegaaitjes (agaporniden) waarbij , in verschillende nesten, de jongen stierven op een leeftijd van
8 dagen. Na autopsie en onderzoek van de mest na speciale kleuring werden verschillende 'sporevormende' microben gevonden in de darm.
Daardoor kon een geschikt antibioticum gekozen worden om het probleem op te lossen. De 'sporevormende' microben zijn omcirkeld op beide foto's.

Een van de belangrijkste onderzoeken bij vogels is nog altijd het mestonderzoek.

De uitwerpselen van een vogel zijn een spiegel van zijn gezondheid.

Belangrijk om weten is, dat de urine en de stoelgang langs een gemeenschappelijke opening het lichaam verlaten, nl. de cloaca.

Dit betekent ook dat nattere uitwerpselen niet noodzakelijk door diarree veroorzaakt worden, maar evenzeer het gevolg kunnen zijn van een overmatige urineproductie.

Bij het binnenbrengen van een zieke vogel is het belangrijk dat de eigenaar reeds thuis een krantepapier onderaan de kooi van de vogel legt, zodat we een idee hebben hoe de uitwerpselen er uitzien. Uitwerpselen onder stress-omstandigheden (bv.tijdens transport) kunnen er anders uitzien dan thuis, en kunnen een verkeerd beeld geven.

De mest zelf kan microscopisch onderzocht worden op wormeieren, coccidiose (darmparasieten) en er kunnen speciale kleuringen op toegepast worden, zodat bacteriën beter zichtbaar worden.