Ex-FBI agent Fox Mulder (David Duchovny) leeft nog altijd ondergedoken omdat de FBI hem zoekt voor moord. Zijn nieuwe bestaan is er wel één dat hij met zijn ex-partner Dana Scully (Gillian Anderson) kan delen, die een nieuwe carrière heeft opgebouwd als chirurg in een katholiek ziekenhuis. In zijn kantoor zit hij nog altijd krantenknipsels over bizarre fenomenen te verzamelen en potloden in het piepschuimen plafond te werpen. Hij krijgt echter een aanbod van de met hangende pootjes smekende FBI-agente Dakota Whitney (Amanda Peet) en haar partner Mosley Drummey (Xzibit) om in ruil voor de spons over zijn verleden zijn expertise aan te wenden in een onrustwekkende verdwijningszaak waarbij een andere agente van het FBI, Monica Bannan (Xantha Radley) is verdwenen. De enige getuige in de zaak is priester Joe Crissman (Billy Connoly), die claimt dat hij met zijn paranormale gave Bannan terug kan vinden en die zich al gedeeltelijk in de zaak heeft bewezen door een paar lugubere ontdekkingen. De politie weet niet goed of ze Crissman op zijn woord moet geloven of hem juist als verdachte nummer één in de zaak moet aanstippen. Crissmans verleden spreekt alleszins tegen hem, want hij staat geregistreerd als een recidieve pedofiel. Mulder stemt toe op voorwaarde dat Scully hem eens te meer assisteert, maar de vraag is maar of die bereid is met hem onder te duiken in het groezelige verleden dat ze beiden achter zich hebben gelaten. Mulders bereidheid om te geloven in Father Joe's astrante visioenen, waarmee hij beweert boete te doen voor zijn zonden, contrasteert met Scully's wetenschappelijk sceptisisme, waarbij ook enkele trauma's uit het verleden opnieuw oprispen. 2008
