De USS Enterprise bezoekt de planeet Nibiru om er een primitieve beschaving te observeren. Wanneer er een vulkaanuitbarsting dreigt en het leven van Spock in gevaar komt, geeft Kapitein James T. Kirk tijdens de reddingsactie zijn verscholen positie op tegenover de bewoners van de planeet en schendt daarmee de eerste richtlijn, namelijk het verbod om contact te maken met een primitieve beschaving. Na het incident wordt de Enterprise teruggeroepen naar de aarde, wordt Kirk gedegradeerd naar de rang van eerste officier en neemt Admiraal Christopher Pike opnieuw het commando over van de Enterprise.
De twee wonen een spoedvergadering bij op het hoofdkwartier van Starfleet nadat voormalig Starfleet-agent John Harrison een geheime locatie van de inlichtingendienst Sectie 31 gebombardeerd had. De vergadering wordt aangevallen door een klein oorlogschip dat bestuurd wordt door Harrison. Pike en enkele andere belangrijke officieren worden bij de aanval gedood. Kirk neutraliseert de aanval, maar Harrison weet te ontsnappen. Na de dood van Pike wordt Kirk opnieuw kapitein van de Enterprise. Na de ontdekking dat Harrison is gevlucht naar Kronos, de Klingon-thuiswereld, krijgt Kirk de opdracht van admiraal Alexander Marcus om Harrison op te sporen.
