25ste Japanse Gojira film.

De film negeert alle voorgaande films, behalve de originele. Sinds zijn aanval op Tokio in 1954 staat Godzilla nog bij iedereen in het geheugen gegrift. En ondanks dat hij uiteindelijk werd vernietigd, is het gevaar nog niet geweken. In de jaren erop zijn verschillende andere monsters gesignaleerd rondom de wereld. Zo werd in 1998 New York City nog aangevallen door een enorm reptielachtig monster (een verwijzing naar de Amerikaanse Godzillafilm).

In 2004, precies 50 jaar na Godzilla’s eerste aanval, verdwijnt een Amerikaanse nucleaire duikboot vlak voor de kust van Guam. Een anti-nucleaire duikboot wordt op onderzoek uitgestuurd. De duikboot vindt op de plek van de verdwijning sporen van een kolossaal beest. Ondertussen is in Japan Yuri Tachibana, de dochter admiraal Taizo Tachibana (hoofd van de Japanse veiligheidsdiens) bezig met een onderzoek op Mt. Myoko. Ze raakt betrokken bij een reeks mysterieuze verschijnselen, waarbij sommige mensen menen Godzilla te hebben gezien. Ze onderzoekt het mysterie, en ontdekt een oude legende over drie Guardian Monsters: Baragon, Mothra, en King Ghidorah.

Yuri reist af naar het Motosu Politiebureau om te praten met Isayama, een lokale profeet. Deze verteld haar dat Godzilla’s terugkeer onvermijdelijk is. Hij vertelt haar de waarheid omtrent Godzilla en zijn krachten: hij is in werkelijkheid een samensmelting van de zielen van alle mensen die door de Japanners zijn omgebracht tijdens de Tweede Wereldoorlog. Dat is de reden dat hij Japan aanviel. Hij geeft haar de opdracht om de Guardian Monsters te vinden en te wekken.

Dan gebeurd wat Isayama voorspelde: Godzilla keert terug..!

2001