Het verhaal speelt zich af in een wereld waarin superhelden de gewoonste zaak ter wereld zijn. Het kruim der helden zijn koppel Steve en Josie Stronghold, AKA De Commander en Jetstream, die de wereld al ettelijke malen voor de ondergang behoedden. Van hun tienerzoon Will wordt verwacht dat hij in de voetsporen van zijn ouders zal treden. Maar bij aankomst in Sky High â een school voor kinderen van superhelden, gevestigd op een vliegend platform boven het wolkendek â blijkt de jongen nog helemaal geen superkrachten te bezitten. Will wordt bijgevolg ingedeeld bij de 'aangevers' i.p.v. bij de helden. Dit is echter slechts het minste van zijn zorgen, want typische schoolse beslommeringen eisen zijn aandacht op. Zoals de verliefdheid op een ouder meisje en de rivaliteit met de zoon van zijn vaders aartsvijand. Geen van de leerlingen of leraars in Sky High beseft echter dat een superschurk snode plannen smeedt om zowel de school als de Strongholds naar de vergetelheid te blazen. En als puntje bij paaltje komt, is het aan Will en zijn mede-aangevers om de dag te redden.
