In deze film belanden onze favoriete schildpadden in het Japan van de 17e eeuw. April O'Neil, de TV-reporter, laat de vier vrienden een geheimzinnige scepter zien die zij gekocht heeft. Als zij de tekst op de scepter voorleest, wordt ze een aantal eeuwen terug in de tijd gestuurd naar Japan. De vier helden besluiten April te gaan redden. In een superspannend avontuur moeten ze de kwade heerser Norinaga bestrijden om de scepter terug te krijgen, zodat ze weer naar New York kunnen terugkeren.
