In een wetenschappelijk onderzoekslaboratorium ziet de onderzoeker Xavier Fitch (Ben Kingsley) met lede ogen toe hoe een jong meisje (Michelle Williams) wordt vergast. Paniek breekt uit als zij op het laatste moment weet te ontsnappen. Een direct ingezette achtervolging heeft geen resultaat. Voor een zoektocht heeft Fitch een team van vier specialisten samengesteld. Het zijn de empaat Dan Smithson (Forest Whitaker), de antropoloog Dr. Stephen Arden (Alfred Molina), de biologisch wetenschapper Dr. Laura Baker (Marg Helgenberger) en Preston Lennox (Michael Madsen). En waar Preston wordt ingezet, betekent dit dat de problemen groot zijn. Dit blijkt ook zo te zijn als Fitch uitlegt welk experiment werd uitgevoerd. Het jonge meisje blijkt deels buitenaards DNA te hebben en staat bekend als SIL. Dit meisje heeft haar toevlucht gezocht in een trein en ondergaat daar een transformatie naar een aantrekkelijke volwassen vrouw (Natasha Henstridge). Al gauw komen Fitch en zijn team SIL op het spoor. Uit de aanwijzingen blijkt dat Sil een mannelijke partner zoekt om zich voort te planten en dat niet bepaald op een zachtzinnige manier doet. Als zij eenmaal heeft gepaard, kan de toekomst van de mensheid in gevaar komen. Voor Fitch en zijn team reden temeer haar op tijd te vinden.
