Tijdens zijn vakantie moet Captain Kirk twee uitdagingen aangaan: Yosemite's El Capitan beklimmen en kampvuurliedjes leren aan Spock. Maar zijn vakantie is van korte duur; wanneer er op de commandobrug van de Enterprise alarm wordt geslagen. Op Nimbus III, de planeet waar alle criminelen gebracht worden, is een opstand uitgebroken, waarbij de bewakers gegijzeld zijn. De leider van de rebellen, uitgerust met geheimzinnige krachten, heeft echter heel andere plannen: het ruimteschip kapen en verdwijnen....
