De huidige abdij ontstond in 1831 toen de prior van het pas gestichte klooster op de Katsberg met enkele van zijn monniken naar de bossen van Sint-Sixtus trok om zich te vestigen bij de kluizenaar Jan-Baptist Victoor. Voor die tijd waren er al op dezelfde plaats of in de nabijheid drie kloosters gevestigd geweest. Toen de nieuwe abdij gebouwd werd in 1831, hadden de bouwvakkers contractueel recht op twee glazen bier per dag. Om geld uit te sparen besloten de paters de drank zelf te brouwen. Dit bier was echter niet het Westvleteren van vandaag, maar een variant met een alcoholpercentage van amper 2 procent. Later begonnen de paters trappist te brouwen om in hun levensonderhoud te voorzien. Omstreeks 1900 schafte de brouwerij een vrachtwagen aan voor de bezorging. De bierverkoop begon reeds in 1838. De brouwerij werd in 1871 gemoderniseerd en overleefde beide wereldoorlogen.

In 1945 besliste de abt dat de productie zou worden beperkt, omdat de brouwerijactiviteiten te veel van de energie van de religieuze gemeenschap opeisten. Het jaar daarop besliste hij het brouwen en commercialiseren voortaan onder licentie toe te vertrouwen aan de Brouwerij Sint-Bernardus in Watou. Een beperkte brouwerijactiviteit bleef in de kloosterbrouwerij doorgaan. De licentie werd in 1962 voor 30 jaar verlengd.

Toen die in 1992 ten einde liep werd de volledige brouwerijactiviteit opnieuw door de abdij overgenomen. Er waren ondertussen heel wat Europese en andere regelgevingen tot stand gekomen en onder meer werd opgelegd dat enkel nog het label 'Trappistenbier' mocht worden gebruikt, indien het bier ook daadwerkelijk binnen een trappistenklooster gebrouwen wordt.

De beslissing bleef behouden om de productie te beperken tot wat als opbrengst voor het levensonderhoud van de monniken nodig is, hetzij 4.700 à 4.750 hectoliter of 60.000 kratten van 24 flesjes.