1. Pilot: Scully wordt aangesteld om te werken met Fox Mulder en zijn werk op een wetenschappelijke manier te rapporteren (lees: ondermijnen). Hun eerste zaak wordt het onderzoeken van een aantal mysterieuze overlijdens onder een bende klasgenoten.
2. Deep Throat: Mulder ontmoet voor het eerst zijn geheime informant 'Deep Throat'. Een tip van deze leidt ons duo naar Idaho, waar een aantal militaire testpiloten op een mysterieuze wijze verdwijnen.
3. Squeeze: Mulder en Scully proberen de gemuteerde moordenaar Eugene Tooms tegen te houden. Deze ontwaakt elke 30 jaar uit winterslaap en heeft een aantal menselijke levers nodig om te overleven.
4. Conduit: Een tienermeisje wordt ontvoerd door aliens en Mulder wordt op die manier terug geconfronteerd met de ontvoering van z'n zus.
5. The Jersey Devil: Een paar moorden in de wouden van New Jersey brengen ons duo in contact met de legende van de Jersey devil.
6. Shadows: Mulder en Scully onderzoeken een aantal ongewone moorden begaan door een onzichtbare kracht die een jonge vrouw blijkt te beschermen.
7. Ghost in the machine: Misschien wel de minst goeie aflevering van het eerste seizoen. Een computer met artificiële intelligentie begaat moorden omwille van zelfbehoud.
8. Ice: Mulder en Scully belanden op de noordpool nadat daar een compleet researchteam op mysterieuze wijze omkwam.
13. Beyond The Sea: Mulder en Scully roepen de hulp in van een ter dood veroordeelde die psychische gaven heeft en hen moet helpen een moordenaar op te sporen.
14. Genderbender: Een bizarre serie van moorden op zowel vrouwen als mannen roept vraagtekens op bij Mulder en Scully.
15. Lazarus: Een FBI agent en een bankrover worden beide geschoten tijdens een overval. De bankrover overlijdt maar de agent neemt de persoonlijkheid aan van de bankrover.
16. Young at heart: Een moordenaar die Mulder vroeger al eens achter tralies had gezet, keert terug en begint met een nieuwe set aan verschrikkelijke moorden.
21. Tooms: Onze gemuteerde lever-etende moordenaar uit 'Squeeze' wordt vrijgelaten!
22. Born Again: Een aantal moorden worden gelinkt aan een klein meisje die wel eens de reïncarnatie kon zijn van een overleden moordenaar.
23. Roland: 2 raketgeleerden worden vermoord teruggevonden en de sporen leiden naar de debiele kuisman Roland. (Eén van de beste gastrollen tot nu toe in de X-Files door Zeljko Ivanek)
24. The Erlenmeyer Flask: Een tip van Deep Throat leert onze 2 agenten dat de regering testen doet met Alien-DNA op menselijke subjecten met vreselijke gevolgen
1. Little Green Men: Alhoewel de X-FILES gesloten werden, trekt Mulder toch naar Puerto Rico om er een eventuele Buitenaardse ontmoetingsplaats te onderzoeken. Ondertussen doet Scully al het mogelijke om te verhinderen dat Mulder ontdekt wordt. 2. The Host: Mulder komt in aanraking met de 'Flukeman', een genetisch gemuteerd wezen ontstaan in het radioactief afval van een Russisch vrachtschip. Wordt nog altijd beschouwd als één van de meest afschrikwekkende monsters ooit in een stand-alone episode. 3. Blood: Een kleine gemeenschap wordt getroffen door een aantal brutale moorden waarbij doodbrave burgers moorddadig worden gedreven door digitale boodschappen op elektrische toestellen. 4. Sleepless: Mulder krijgt een nieuwe partner toegewezen: Alex Krycek. 'Samen' onderzoeken ze een Vietnam-experiment waarbij getracht werd militairen op te zadelen met een soort van continue insomnia.
5. Duane Barry: Mulder wordt gevraagd als onderhandelaar bij een gijzelingszaak. De gijzelnemer, Duane Barry, zegt al meerdere malen ontvoerd te zijn door buitenaardse wezens. 6. Ascension: Mulder achtervolgt Duane Barry in zijn wanhopige zoektocht naar Scully. 7. 3: Mulder onderzoekt een aantal vampierachtige moorden in Hollywood en wordt verliefd op een mysterieuze vrouw die tevens de hoofdverdachte is. 8. One Breath: Scully wordt teruggevonden, maar in een coma. Mulder moet vechten voor haar leven en probeert de details van Scully's mysterieuze ontvoering te weten te komen.
