Het derde seizoen bestaat uit 17 afleveringen en is uitgezonden in 1999 en 2000.
| 301 - Rainforest Shmainforest |
 |
Mr. Mackey straft de kinderen door ze te dwingen bij het "Getting Gay With Kids" koor te gaan. Het koor gaat naar Costa Rica om het regenwoud te redden. Tijdens een tour door het regenwoud raakt de koorgroep verdwaalt wanneer een slang hun gids vermoord. Snel ontdekken ze het kwaad van het regenwoud wat het bericht van de koorgroep veranderd. |
| Eerste uitzenddatum: 7 april 1999 |
| 302 - Spontaneous Combustion |
 |
Kenny verbrandt spontaan. De burgemeester vraagt aan Randy Marsh om een oplossing. De jongens proberen Kyle's vader te helpen om een erectie te krijgen. Een manier dat ze denken dat het helpt is door Cartman aan het kruis te hangen en drie dagen te wachten voor zijn res-erectie. Randy Marsh komt tot de ontdekking dat de rede dat iedereen verbrandt komt doordat ze hun scheten inhouden. |
| Eerste uitzenddatum: 14 april 1999 |
| 303 - The Succubus |
 |
Kyle en Stan proberen Chef te reden van de klouwen van de Succubus waarmee hij gaat trouwen. Ondertussen heeft Cartman last van problemen met zijn ogen en de opticiën die hij niet aardig vindt. Chef's moeder en vader komen voor de eerste keer voor. |
| Eerste uitzenddatum: 21 april 1999 |
| 304 - Tweek Vs. Craig |
 |
De jongens volgen winkelles en proberen een gevecht tussen Tweek en Craig te organiseren. Kenny is verheugd dat hij de economische kant doet. Wanneer het grote gevecht daar is, weten de deelnemers niet wat ze moeten doen; zodat Jimbo en Ned Tweek boxen leren en Cartman Craig sumoworstelen leert. De docent van winkelles, Mr. Adler, heeft een terugkomende droom over een vrouw waar hij nooit de gelegenheid voor heeft gehad om vaarwel te zeggen. |
| Eerste uitzenddatum: 23 juni 1999 |
| 305 - Jackovasaurus |
 |
De jongens ontdekken een levend prehistorisch Jakovasaur wanneer ze camperen bij Stark's Pond. De overheid en de inwoners van South Park hebben interesse in het in leven houden van deze bedreigde diersoort tot dat ze zich realiseren hoe irritant de Jakovasaurs echt zijn. De enige die ze leuk vindt is Cartman. De jongens proberen hem af te leiden terwijl het dorp probeert de Jakovasaurs naar Frankrijk te sturen. |
| Eerste uitzenddatum: 16 juni 1999 |
| 306 - Sexual Harassment Panda |
 |
"Sexual Harassment Panda" bezoekt Mr. Garrison's klas. Cartman klaagt Stan aan voor seksuele verkrachting en Kyle's vader wordt rijk. De jongens gaan op zoek naar "Sexual Harassment Panda" om de gekheid te stoppen. Ze vinden hem op "Het Eiland van Mislukte Mascottes Communie" en overtuigen hem ervan zijn oorzaak te veranderen. Hij wordt Petey, de "niet mensen aanklagen" panda. |
| Eerste uitzenddatum: 7 juli 1999 |
| 307 - Cat Orgy |
 |
Shelly Marsh is op Cartman aan het passen. Shelly nodigt haar vriend uit hij nodigt zijn band uit. Cartman moet bewijzen dat Shelly de regels heeft overtreden. Ondertussen is Cartman's kat geil en wil een goede tijd en nodigdt alle katten in de omgeving uit naar Cartman's lege huis en houden een orgie. |
| Eerste uitzenddatum: 14 juli 1999 |
| 308 - Two Guys Naked in a Hot Tub |
 |
Stan's ouders brengen hem naar Mr. Mackey's feest, maar hij wordt naar de kelder verwezen om tussen de gekke kinderen te zijn. Kyle en Stan's vader experimenteren met hun homosexuele tendensen. De ATF is er zeker van dat de meteorenregen feest eigenlijk een bijeenkomst is van een religieuze cult dat zelfmoord gaat plegen wanneer de meteorenregen komt. Stan probeert zichzelf en het feest te redden van de ATF. |
| Eerste uitzenddatum: 21 juli 1999 |
| 309 - Jewbilee |
 |
Kyle nodigt Kenny uit om samen naar Jewbilee te gaan, een jongens soort-scouting bijeenkomst voor Joodse kinderen. Zijn ouders gaan naar Mr. Mackey's feest. Op kamp wordt Ike lid van een kleine groep genaamd "Dwergen". Kyle en Kenny komen bij de scouts waar ze zich concentreren op zeepstandbeelden. Deze vorm van kunst is de sleutel tot het Joodse ouderen viering van Moses, alleen herkent Moses Kenny als niet Jood en wordt hij verbannen van het kamp. |
| Eerste uitzenddatum: 28 juli 1999 |
| 310 - Chinpokomon |
 |
De kinderen van South Park ontdekken Chinpokomon, Japans #1 speelgoed om te hebben! Willende om te ontwijken dat ze losers zijn, overtuigen ze hun ouders ervan om ze te kopen alleen om te ontdekken dat ze hun hersens spoelen om Pearl Harbor te bombarderen. De ouders verenigen zich om Japan te stoppen en Amerika te reden! |
| Eerste uitzenddatum: 3 november 1999 |
| 311 - Starvin Marvin in Space |
 |
Starvin' Marvin vindt een ruimteschip en begint met het zoeken naar een nieuw thuis voor zijn volk. De overheid ondervraagt de jongens om erachter te komen over Marvin en sturen ze naar Sally Stuthers. Marvin stopt in South Park om de jongens op te pikken en nemen ze mee naar de planeet Marklar. De Marklarianen willen graag dat de Ethiopianen zich opnieuw vestigen om hun wereld en de Christische kanaal dat er alles aan om ze te stoppen. |
| Eerste uitzenddatum: 17 november 1999 |
| 312 - Korn's Groovy Pirate Ghost Mystery |
 |
Korn komt naar South Park voor een Halloween grap en leert van de jongens die problemen hebben met gasten uit groep 7 van de South Park basisschool. Korn steemt in om de jongens te helpen om wraak te nemen om de slechte gasten uit groep 7 in een enge Scooby Doo rip off! |
| Eerste uitzenddatum: 27 oktober 1999 |
| 313 - Hooked on Monkey Phonics |
 |
Mrs. Cartman staat op het punt om Eric een cadeau te geven. Natuurlijk hoopt Eric dat het een soort speelgoed is, maar het eindigt bij Hooked on Monkey Phonics om hem te helpen de jaarlijke South Park spellingwedstrijd te winnen. Kyle vindt Rebecca Cutswald vrij intrigerend en probeert haar te lokken met z'n charmes en haar te onderwijzen hoe te houden en te leren in een openbare school. |
| Eerste uitzenddatum: 10 november 1999 |
| 314 - The Red Badge of Gayness (war) |
 |
South Park's burgeroorlog herinvoering, gesponsord door "Jagerminz S'More Flavored Schnapps", loopt uit de hand. Cartman achtervolgt de dronken partij om de noorderlingen te verslaan zodat hij een weddenschap kan winnen met Kyle en Stan zodat ze zijn slaven zijn voor een maand. |
| Eerste uitzenddatum: 24 november 1999 |
| 315 - Mr. Hankey's Christmas Classics |
 |
Mr. Hankey introduceert 10 muzikale segmenten van liedjes van de CD "Mr. Hankey's Christmas Classics". De jongens en alle South Park personages zingen hun eigen liedje voor de feestdagen en realiseren dat kerst om de cadeaus gaan. |
| Eerste uitzenddatum: 1 december 1999 |
| 316 - Are you there God? It's me, Jesus. |
 |
Cartman is ervan overtuigd dat hij door de pubertijd gaat sinds hij bloedde uit z'n reet. Dr. Mephisto geeft Stan een paar hormonen en hij neemt de hele fles. Stan krijgt haar op z'n gezicht, tieten en zijn stem veranderd. De mensen wachten buiten het huis van Jesus om te zien wat voor een wonder hij voorstelt wat eindigt met de terugkeer van een comeback optreden van een hele oude Rod Stewart en uiteindelijk een verschijning van God. |
| Eerste uitzenddatum: 29 december 1999 |
| 317 - World Wide Recorder Concert (The Brown Noise) |
 |
De kinderen van South Park oefenen "My Country 'Tis of Thee" voor de "4 Million Child Blow", gesponsord door Yoko Ono. Mr. Garrison wilt niet gaan omdat zijn vader daar nog steeds leeft. Bij het concert proberen Stan en Kyle uit te vinden een manier om de kinderen van New York te dissen. Cartman probeert "het bruine lawaai" en is succesvol. Stan en Kyle plannen tegen de kinderen van New York maar hun plan gaat te ver. |
| Eerste uitzenddatum: 12 januari 2000 |
|
