Het tweede seizoen bestaat uit 18 afleveringen en is uitgezonden in 1998 en 1999.

201 - Terrance & Phillip in Not Without My Anus
	De show begint met een terugblik op de cliffhanger van het vorige seizoen rondom Cartman's ouders oorsprong. Alleen, wanneer het 2e deel van "Cartman's Mom Is A Dirty Slut" op het punt van beginnen staat, doen ze een 180 graden draai en maken ze bekend dat voor 1 april ze Terrance & Phillip in "Not Without My Anus" laten zien.
	Eerste uitzenddatum: 1 april 1998

202 - Cartman's Mom is Still a Dirty Slut
	Dr. Mephisto staat op het punt om bekend te maken wie Eric Cartman's vader echt is! Glas verbrijzelt en pistoolschoten klinken. Een mysterieuze aanvaller heeft blijkbaar Mephisto beschoten wanneer de lichten uit waren. Met Eric's verdrietigheid brengen ze Mephisto naar het ziekenhuis. Chef stormt de deur uit met Mephisto aan z'n hand. Ze moeten vechten tegen de tijd om Eric's achtergrond te leren, wie is zijn vader? Waar komt hij vandaan?
	Eerste uitzenddatum: 22 april 1998

203 - Chickenlover
	De Booktastic bus is in de stad en gauw ontdekt iedereen dat Officer Barbrady niet kan lezen. Hij gaat naar school zodat de jongens hem zijn baan kunnen redden. Terwijl hij daar is, heeft iemand in South Park seks met de kippen van de stad van alleen Officer Barbrady met zijn nieuwe hulpjes Kenny, Kyle, Stan en Cartman kunnen hem stoppen!
	Eerste uitzenddatum: 20 mei 1998

204 - Ike's Wee Wee
	Ike krijgt een Briss en iedereen is uitgenodigd! Stan, Kenny en Cartman ontdekken wat een Briss echt is een proberen Kyle te waarschuwen dat zijn ouders Ike's plassertje eraf willen knippen. Kyle zendt Ike weg om hem te beschermen tegen zijn ouders.
	Eerste uitzenddatum: 27 mei 1998

205 - Conjoined Fetus Lady
	Kyle is gewond en moet naar de schoolzuster en is bang van de verhalen die hij gehoort heeft. Ze ziet er normaal uit, behalve voor de dode fetus die uit haar hoofd steekt. Kyle's moeder leidt de jongens op om haar "conditie" en besluit dat iedereen in South Park er op de hoogte over gebracht moet worden. Ondertussen gaan de South Park Cows trefbalteam naar de staat, nationaal en uiteindelijk naar de internationale finale in China.
	Eerste uitzenddatum: 3 juni 1998

206 - The Mexican Staring Frog of Southern Sri Lanka
	Mr. Garrison wijst de jongens toe om over Vietnam te leren van iemand die ze kennen. Stan's Uncle Jimbo en zijn vriend Ned vertellen de jongens hun buitensporig verhaal. Mr. Garrison gelooft niks van het verslag van en geeft ze detentie. Ze plannen vraak tegen Stan's oom door een nepvideo aan ze te zenden met de Mexicaanse Starende Kikker van Zuid-Sri Lanka.
	Eerste uitzenddatum: 10 juni 1998

207 - City on the Edge of Forever (Flashbacks)
	Wanner de schoolbus aan het bengelen is op de rand van een berg, herinneren de jongens sommige van hun adventuren uit het verleden. Mrs. Crabtree pakt een rit naar het dorp en raakt terrecht als standup comedienne. Terug in South Park overtuigd Mr. Mackey de ouders dat hun missende kinderen weggelopen moeten zijn. Op het eind is het allemaal een droom binnen een droom.
	Eerste uitzenddatum: 17 juni 1998

208 - Summer Sucks
	School is uit voor de zomer en met Mr. Hat die is vermist is Mr. Garrison desperaden. De staat heeft de verkoop van vuurwerk verboden en het verpest de plannen van de jongens voor het vieren van 4 juli. Mr. Garrison zoekt psychiatrische hulp bij Dr. Katz terwijl Jimbo en Ned naar Mexico gaan om een poging te wagen om vuurwerk terug te smokelen naar de kinderen van Amerika.
	Eerste uitzenddatum: 24 juni 1998

209 - Chef's Chocolate Salty Balls
	Een filmfestival verhuist naar South Park, alleen al om een vernietigend effect te hebben op het riool. Mr. Hankey roept de hulp in van Kyle. De film die mensen interpreteren Kyle's eisen als een toppunt en ze maken van zijn verhaal een film met Tom Hanks in de hoofdrol en een aap die ze "Mr. Hankey" noemen. Kyle is verbolgen dat de filmmakers zijn eisen niet horen. Gauw geven Chef's Salty Chocolate Balls iedereen energie.
	Eerste uitzenddatum: 19 augustus 1998

210 - Chickenpox
	Cartman's moeder is van plan om de jongens de waterpokken te geven door ze naar Kenny te sturen om te logeren. Stan en Cartman beide krijgen het maar Kyle blijft immuun. Kyle ontdekt "de ouderlijke samenzwering" en met de andere jongens huren ze een prostituee om hun ouders herpes te geven. Ondertussen herenigen Kenny's moeder en Kyle's moeder hun echtgenoten die beide kindervrienden waren die afdreven.
	Eerste uitzenddatum: 26 augustus 1998

211 - Roger Ebert Should Lay off the Fatty Foods
	De kinderen gaan op excursie naar het planetarium. Alle kinderen behalve Cartman gedragen zich vreemd. Zoals gebruikelijk gaan Stan en Kyle, met Kenny's offer, proberen het mysterie tot op de bodom uit te zoeken. Ondertussen wint Cartman een verschijning bij een snack reclame. De vier jongens komen op de bodom van de vreemde planetarium.
	Eerste uitzenddatum: 2 september 1998

212 - Clubhouses
	Stan moet een clubhuis bouwen zodat hij en Kyle "Truth or Dare" kunnen spelen met Wendy en haar vriend, die een oogje op Kyle heeft. Cartman en Kenny nemen wraak door een eigen clubhuis te bouwen; alleen die van hun heeft hetere meiden. Ondertussen mislukt het huwelijk van de Marshes en leert Stan een belangrijke les over liefde en familie.
	Eerste uitzenddatum: 23 september 1998

213 - Cow Days
	Het jaarlijkse "Cow Days" feest is aan de gang! De koeien worden doorboort op een koe standbeeld. Om geld bij elkaar te krijgen om Terrance and Phillip poppen te winnen, schrijven de jongens Cartman in voor een stier rijden wedstrijd. Door een raar ongeluk gelooft Cartman dat hij een Vietnameese prostituee is genaamd Ming Li. De jongens leren over geld en koegekte.
	Eerste uitzenddatum: 30 september 1998

214 - Chef Aid
	Chef wordt aangeklaagd door Capitalist Records voor het proberen van het krijgen van de rechten van een liedje die hij twintig jaar geleden heeft geschreven. In een reactie erop verzamelen de jongens alle oude muzikale vrienden van Chef en organiseren een groot concert om het geld bij elkaar te krijgen.
	Eerste uitzenddatum: 7 oktober 1998

215 - Spookyfish
	Sharon Marsh's tante Fio maakt haar maandelijkste bezoek en ze heeft een cadeau voor Stan, een vis. Stan's vis maakt hem erg bang, vooral wanneer de dode lichamen naar boven komen. Mrs. Marsh is er zeker van dat Stan al de moorden pleegt en begint met het verbergen van de lichamen. De jongens ontdekken dat er twee Cartman's zijn en een poort is naar een parallele universum bij de "Indian Burial Ground Pet Store".
	Eerste uitzenddatum: 28 oktober 1998

216 - Merry Christmas Charlie Manson
	Kyle, Stan en Kenny vergezellen Eric en zijn familie bij de kerstviering. Een van Cartman's bekenden ontsnapt uit de gevangenis voor de reunie samen met z'n celmaat Charles Manson.
	Eerste uitzenddatum: 9 december 1998

217 - Gnomes
	Harbucks koffie is van plan om naar South Park te komen en Tweek's koffieshop failliet te maken. Mr. Garrison geeft een opdracht een verslag te schrijven over de huidige gebeurtenissen om te helpen zijn huidige baan te behouden. De jongens zijn van plan om hun verslag te houden over de onderbroek dwergen. Tweek's vader plot om het verslag van de jongens te gebruiken als een platform voor het vechten tegen Harbucks. Het verslag dat de jongens afleveren geeft dat het dorp actie moet ondernemen.
	Eerste uitzenddatum: 16 december 1998

218 - Prehistoric Ice Man
	Kyle valt een in grot. Stan gaat hem redden en vindt een ijsman en de twee vechten daarna voor credit. Dr. Mephisto ontdekt dat de ijsman sinds 1996 bevroren is. De ijsman wordt tentoongesteld waarna de vechtende Kyle en Stan hem bevrijden. De ijsman probeert om terug bij zijn familie te komen, maar komt erachter dat hij een man die geen tijd heeft. Ondertussen heeft de overheid zijn eigen plannen om te ijsman te gebruiken in hun plot tegen Zweden.
	Eerste uitzenddatum: 20 januari 1999