De volgende dag komt Thomas op een idee hoe ze het labyrint kunnen ontcijferen. Ze voeren het idee uit en het blijkt dat iedere dag de vorm van het labyrint een letter vormt. Wanneer het systeem is ontdekt, gaan Minho en Thomas rennen en gaan Newt en Teresa de code kraken. De code is 'float, catch, bleed, death, stiff en push'. Alleen weten ze nog niet wat het betekend. In het labyrint vinden ze ook niets. Thomas gaat zich laten steken door een griever. Die avond als er weer iemand wordt meegenomen door de grievers rent Thomas er achter aan. Hij probeert de jongen te bevrijden maar wordt ondertussen gestoken. De 3 opeenvolgende dagen brengt hij de verandering door om zo zijn geheugen terug te krijgen. Thomas komt erachter dat hij voor de Scheppers (de mensen die het labyrint hebben gebouwd) heeft gewerkt, samen met Teresa en dat het labyrint een uithoudingsvermogen experiment is. Hij weet nu hij hoe ze uit het labyrint moeten komen. Als ze door het gat bij de klif springen, vinden ze een computer waar ze de gevonden code moeten invoeren.