Aan het begin van het spel wordt een nieuwe wereld gecreëerd met behulp van procedurele generatie en de speler kan een bepaalde beginwaarde invoeren voor de pseudo-willekeurige nummergenerator die de generatie van de wereld bestuurt, of het spel dit automatisch laten doen, waarbij de tijd op de systeemklok als de beginwaarde wordt gebruikt. Op deze manier wordt een vrijwel onbeperkte ruimte van de spelwereld gecreëerd, bestaande uit kubussen - "blokken" gerangschikt in een vaste volgorde. De spelwereld is opgedeeld in verschillende gebieden - biomen, die elk van de anderen verschillen in zijn unieke set van objecten. Aan het begin van het spel verschijnt een spelpersonage op het oppervlak van de aarde in een willekeurig bioom - bijvoorbeeld in een bos, bergen of woestijn.

Gameplay in het algemeen is gebaseerd op de vernietiging van bestaande blokken en de plaatsing van nieuwe. Door de blokken te vernietigen, verzamelt de speler de eenheden van het corresponderende materiaal en kan deze gebruiken om nieuwe blokken elders te installeren - op deze manier kunnen verschillende structuren worden geconstrueerd; Deze functie van het spel maakt Minecraft vergelijkbaar met de LEGO-ontwerper. Standaard bestuurt de speler het spelpersonage in de first person-modus, maar kan ook overschakelen naar de third-personmodus. Het spelpersonage beweegt te voet over de gamewereld en overwint verschillende natuurlijke obstakels. Naast het spelpersonage zijn er ook niet-gametekens in de gamewereld: dieren, dorpelingen en vijandige wezens. In Minecraft is er een verandering van dag en nacht, en de speldag duurt 20 minuten in realtime. Gedurende de dag kan een speler op een vreedzame manier bezig zijn met de bouw, het verzamelen van middelen en andere soortgelijke activiteiten; Op dit moment verschijnen vriendelijke wezens in de gamewereld, zoals varkens, schapen of koeien. De speler kan op ze jagen, voedsel en materialen kopen om bepaalde items te maken of zich bezighouden met veeteelt, met behulp van geschikt voedsel. Integendeel, 's nachts verschijnen vijandige wezens op het oppervlak - spinnen, zombies en skeletten, en het spelpersonage moet ze bevechten of de ochtend op een veilige plaats afwachten. Vijanden kunnen overdag op onverlichte plaatsen verschijnen: bijvoorbeeld in grotten. Een van de meest voorkomende vijanden is een klimplant - een groen schepsel met vier poten dat bij het naderen van een gamekarakter een karakteristiek gesis laat horen, verschillende blokken eromheen explodeert en vernietigt.

Een kenmerk van Minecraft als een open-world sandbox-game is de afwezigheid van bepaalde doelen - de speler kiest waar hij naartoe moet gaan en wat hij moet doen. Een speler krijgt prestaties voor het uitvoeren van bepaalde acties. In Minecraft zijn er, naast de standaardwereld, twee parallelle dimensies, gevaarlijker en vijandiger voor het gamekarakter - de Lower World (Eng. The Nether) en de Edge (Eng: The End). Ze zijn toegankelijk via speciale portals. Als je een bepaalde afstand in de lagere wereld aflegt en terugkeert naar de gewone wereld, zal de speler ontdekken dat hij een veel grotere afstand heeft afgelegd - dit stelt je in staat om snelle reizen te maken. In de Lower World kan een speler een totem bouwen die is gemaakt van lokale bronnen, wat nodig is om een ​​van de eindbazen van het spel op te roepen - de Blower (Witherher). De regio is een sombere woestijnplaats - een verzameling eilanden, drijvend in de leegte. In het midden van hen woont Edge Dragon (geboren Ender Dragon) - de krachtigste tegenstander van de bestaande Minecraft, die als de uiteindelijke baas kan worden beschouwd. Als je de Dragon Edge verslaat, wordt de speler het "Poem of the Edge" getoond - het laatste verhaal geschreven door de Ierse schrijver Julian Gough, gevolgd door bijschriften. In de toekomst keert de speler terug naar de gewone wereld en kan het spel voortzetten.