Een storm van duister geweld trekt over de wereld, maar slechts enkelen zien wat er werkelijk gebeurt. Frank Black, ex-FBI-agent, is één van hen. Samen met andere leden van de Millenniumgroep vecht hij tegen de waanzin van de naderende apocalyps. Black probeert zijn gezin buiten zijn werk te houden, maar als verkoolde menselijke lichaamsdelen opduiken in een park in San Francisco, wordt hij gedwongen risico's te nemen. Een afgrijselijk spoor van menselijke resten leidt naar een verlaten chemische fabriek, waar een stedelijk armageddon wordt voorbereid...
Gebaseerd op de gelijknamige populaire tv-reeks van Chris Carter, maker van 'The X-files'