In 2029 is de mutant bevolking aanzienlijk geslonken en de X-Men zijn ontbonden. Logan (Hugh Jackman) zijn vermogen om zichzelf te genezen is slinkende en hij ontfermt zich nu samen met de mutant Caliban (Stephen Merchant) over de zieke Professor X (Patrick Stewart) in een schuilplaats op de grens met Mexico. Zij zullen daar de rest van hun leven ondergedoken blijven. Maar wanneer een jonge mutant op de vlucht voor een gevaarlijke organisatie zijn pad kruist, kan hij zich niet langer verstoppen en voelt hij zich uiteindelijk gedwongen haar te helpen.